Уже тогда в таких случаях назначали особую комиссию и отправляли её расследовать ситуацию. Высокая комиссия (в состав которой входили, по странному совпадению, будущий царь Василий Шуйский и Федор Романов) прибыла в Углич и там, по сведениям очевидцев, сделала все, чтобы запутать следствие. Во-первых, выяснив, что предполагаемые виновники трагедии были на месте растерзаны "возмущенной толпой", следственная комиссия выявила зачинщиков самосуда и... разумеется, предала их немедленной казни. За самоуправство. Во-вторых, спешно заставила мать царевича, вдовствующую царицу Марию, постричься в монахини. В-третьих, доложила в Москву, что царевич стал жертвой несчастного случая, "напоровшись на ножичек, коим играл". Все эти "мероприятия", естественно не прошли незамеченными, но народная молва приписала их Борису Годунову. В основном потому, что он первым сумел извлечь выгоду из безвременной кончины царевича Дмитрия.
Через семь лет после гибели Дмитрия скончался царь Федор Иоаннович, Династия, основанная Иваном Калигой, прекратилась. Хотели было короновать вдову Федора - Ирину, в девичестве Годунову, но та, будучи женщиной очень неглупой, предпочла надеть монашеский клобук. Инокиня Александра - под таким именем постриглась Ирина - тихо окончила свои дни в монастыре и, наверное, немало молитв вознесла за здравие своего чрезмерно азартного брата. А Борис Годунов занял престол, не имея на него, в глазах общества, никаких прав. "Всенародное избрание" его царем означало только, что верховное боярство не смогло занять единую позицию и выставить "альтернативную кандидатуру", как это произошло впоследствии с Михаилом Романовым.
Царь Борис оказался достаточно хорошим правителем (страна при нем отдохнула от войн с внешними врагами), но очень плохим политиком внутренним. Множество знатных боярских фамилий было подвергнуто им всевозможным унижениям и преследованиям. Это было бы ещё полбеды, пойди Борис путем своего царственного зятя Ивана Грозного. Но он не осмеливался никого казнить: только ссылал, заставлял постричься в монахи, подвергал бесконечным мелким пакостям. То есть вел себя не как царь, а как заурядный склочник, за что. естественно, со временем и поплатился. Мало кто верит в то, что Борис умер своей смертью. Наверняка он был отравлен, и немудрено: любому подсыплют яду в суп, если он прикажет знатному боярину выщипать бороду по волоску и при этом оставить в живых. А именно так поступили по приказу Годунова с боярином Бельским.
Больше всех при этом пострадала семья Романовых, обладавшая серьезными правами на занятый Борисом престол. Все братья Федора Никитовича были сосланы или посажены в тюрьму. С Федором же Никитовичем поступили особо: его самого и супругу, Ксению Ивановну, насильно постригли в монахи: его под именем Филарета, а её - под именем инокини Марфы. Местом пребывания Филарета определили Антониево-Сийский монастырь, в 100 верстах от Холмогор, а Марфу отправили в женский монастырь в Заонежье. Их дети - сын Михаил и дочь Татьяна - также отправились в ссылку далеко-далеко от Москвы.