Арсеньев прилег на еловые ветки в своем, тоже еловом, шалаше. Ждать — вот их главное занятие на ближайшее время… Да, тяжела и опасна каждая экспедиция. Но ведь он сам отказался от тихой и спокойно жизни. Иначе жизнь потеряла бы вкус. Поэтому-то на стыке веков он подал рапорт, который в корне изменил его жизнь.
Подпоручик Владимир Арсеньев подал рапорт с ходатайством о переводе его из Польши в одну из пехотных частей Приамурского округа или Квантунской области в январе 1900 года. Просьбу удовлетворили. В мае он отправился по месту назначения в первый Владивостокский крепостной пехотный полк. Но добрался лишь в августе, так как в составе Благовещенского отряда генерала Грибского пережил бомбардировку города, а потом сражался с китайскими диверсантами у города Сахалян. Боевое крещение увенчалось серебряной медалью «За поход в Китай».
Потом — должность начальника Владивостокской крепостной конно-охотничьей команды. А в январе 1904 года грянула Русско-японская война. Южно-Уссурийский край стал прифронтовым. На конно-охотничьи команды сибирских стрелковых полков были возложены задачи разведки и охраны побережья и сухопутных подступов к крепости. После того как японские корабли обстреляли Владивосток и крепости, конно-охотничьи команды были сведены в летучий отряд (батальон) во главе с подпоручиком Арсеньевым.
Отряд вел постоянную рекогносцировку местности. О значимости и результатах разведки свидетельствует вторая боевая награда подпоручика Арсеньева: 18 августа 1904 года был награжден орденом Святой Анны IV степени с надписью «За храбрость». Позже он получил еще два ордена: Святого Станислава и Святой Анны III степени.
В июле 1904 года вместе с инженер-капитаном Ф. Постниковым Арсеньев занимался отладкой взаимодействия наземной и воздушной (новинка в те времена!) разведок. Воздушный шар «Чайка» объемом 400 кубических метров был поднят в небо с транспортного судна «Колыма», пришвартованного близ мыса Эгершельда.
Во время Русско-японской войны Арсеньев и его подчиненные вели разведку в районе станции Надеждинской, по рекам Суйфун и Майхе и даже в Корее, где была группировка японцев. Отважному поручику и его разведчикам не раз приходилось переплывать через пограничную реку Тюмень-Ула, чтобы добыть «языка» в лагере противника.
В 1906 году группа Арсеньева впервые перевалила через горный хребет Сихотэ-Алинь. И вот новая сихотэ-алиньская экспедиция, которая стартовала 24 июня 1908 года. В ее состав входили хозяйственник Т. Николаев, флорист Н. Десулави, геолог С. Гусев, охотовед и сотрудник журнала «Наша охота» И. Дзюль, десять стрелков Восточно-Сибирского стрелкового полка, двое казаков из Уссурийского казачьего дивизиона, а также двое проводников — китаец Чжан Бао и нанаец Тимофей Косяков. Экспедиция спустилась на лодках по течению Амура, достигла селения Троицкое, а потом поднялась по его правому притоку Анюю. Пройдя многочисленные мели, косы, каменистые пороги, 1 августа группа достигла перевала через хребет Сихотэ-Алинь. И именно тут, в, казалось бы, уже знакомом и изученном месте, Арсеньева и его товарищей подстерегла та самая злокозненная сосна, о которую разбилась лодка.