Эта старое военное правило в июне 1941 года получило еще одно подтверждение. По западным военным округам в первые дни войны был нанесен удар невероятной силы. Неся огромные потери, советские войска по всему фронту стали отходить в глубь страны. Отдельные гарнизоны продолжали сопротивляться, но это не меняло общей картины. Германские войска рвались к Москве, стремились захватить Ленинград и Киев.
С началом Великой Отечественной войны командование Красной армии должно было поставить перед Разведывательным управлением новые задачи для обеспечения экстренных мероприятий советского правительства, Народного комиссариата обороны и Генерального штаба. Несомненно, о содержании и направленности таких мероприятий хотя бы в общих чертах должен был иметь представление и начальник военной разведки генерал-лейтенант Филипп Голиков. Он мог получить такие инструкции от наркома обороны С. К. Тимошенко, от начальника Генерального штаба Г. К. Жукова или даже от Верховного главнокомандующего И. В. Сталина.
Весной 1941 года Голиков часто бывал на докладах у наркома обороны и начальника Генерального штаба. «Взаимоотношения с наркомом обороны С. К. Тимошенко и с начальниками Генерального штаба К. А. Мерецковым и Г. К. Жуковым мне казались хорошими. Я часто являлся к ним на доклады по вопросам разведки, нередко принося с собой для этого те или иные схемы. Больше приходилось докладывать им о немецкой угрозе, о немецко-фашистских вооруженных силах. Докладывал и по вопросам нашей агентуры. Все они к моим докладам относились с живым интересом»[147], — писал Ф. И. Голиков в 1966 году, вспоминая свою деятельность на должности начальника военной разведки.
Зная Голикова как толкового начальника Разведуправления, награжденного в феврале 1941 года орденом Ленина за успешное выполнение заданий правительства и за работу в военной разведке, нарком обороны С. К. Тимошенко пригласил его на совещание, созванное по указанию Сталина в один из первых же дней начавшейся войны. Видимо, Тимошенко не без основания полагал, что у Сталина могут возникнуть вопросы, на которые обстоятельно ответить должен был начальник военной разведки.
Совещание проводилось в особняке Наркомата обороны, который находился напротив здания Генерального штаба на улице Грицевец. Сталин прибыл на это совещание не один. Его сопровождали Молотов, Маленков и Берия. Когда Сталин вошел в зал, где его ожидали высшие должностные лица Наркомата обороны, он приблизился к группе генералов и холодно приветствовал их. Увидев Голикова, Сталин удивленно сказал: «И вы здесь?»