Царь, еще не веря Пушкаренко, но сомневаясь уже и в Виговском, выслал специального гонца в Польшу к своим послам, которые дожидались согласия и решения на царское наследие польской короны, повелев им тайно разузнать о состоянии польских войск и в каких приготовлениях они пребывают. Посланцы те, хотя и были усыплены поляками постоянными банкетами, забавами и танцами, однако, разбуженные царским послом и наказом, сообщали царю, что «в Варшаве поляки часто перешептываются между собой на ухо, насмехаются над нами, подмигивая, а воинство их по городам в корчмах каждый раз при нас побрякивают саблями, что аж страх пронимает, а по селам у них войск, говорят, тьма-тьмущая. И частенько поговаривают чванливые полячки, что „дескать, наши уже казаки, и Смоленск скоро наш будет, а о замыслах наших польских и не догадываются“. Поэтому о наследии твоем, государь, на польскую корону никто и пальцем не шевелит, а на наши напоминания об этом отвечают поляки усмешками и вежливыми поклонами, и мы, по правде говоря, государь, пребываем здесь, как посмешище для ляхов».
Оповещенный посланцами, царь отозвал их из Польши и, убедившись в обманах и предательстве поляков и гетмана Виговского, но притворяясь перед последним, что ничего не подозревает, писал ему о прежнем своем доверии и вредном упрямстве Пушкаренка, против которого пообещал в помощь Виговскому прислать корпус своих войск и этими силами уничтожить движение Пушкаренка, привести войска его силой под власть гетмана, а самого Пушкаренка заковать в кандалы и прислать в Москву на царский суд. Царские войска в количестве 30 тысяч человек под командованием князя Трубецкого действительно вступили на территорию Малороссии в апреле 1659 года. Трубецкому был дан секретный приказ, сойдясь с Виговским, арестовать его со всеми преданными ему урядниками, а войскам, которые есть при нем, приказать присоединиться к Наказному гетману Пушкаренко и пребывать под его командованием до выборов всем войском и народом малороссийским настоящего гетмана согласно своим правилам.
Виговской, тоже демонстрируя, что ничего о подозрении на него не замечает, пригласил тайно к себе корпус польских войск, которые пришли к нему лесами под командованием хорунжего Гуляницкого, и разместил его в городе Конотоп, а сам с охочекомонными полками и частью запорожцев разместился возле местечка Смела и посылал от себя гонцов к князю Трубецкому, запрашивая у него, где им соединиться. Князь, переходя от города Путивля к городу Конотоп, встречен был конотопскими горожанами, которые ему сообщили, что к ним Виговской привел польские войска неизвестно с каким намерением. Князь, задумав мимоходом забрать поляков в плен, причислив это к своей миссии, взял Конотоп в осаду. Но Виговской, заранее согласовав с Гуляницким, напал на него своими войсками с двух сторон и армию Трубецкого разбил наголову, а обозы со всеми запасами забрал себе как свою добычу. Князь же с небольшими остатками своих войск пробрался лесами вверх реки Сейм и спрятался в Путивле.