В первые дни между армиями были небольшие стычки и перестрелки. Наконец поляки начали генеральное сражение. На рассвете поляки ударили с трех сторон по лагерю московских войск. После продолжительного сражения поляки ворвались в него и устроили бойню, выбили войска из лагеря и погнали их к Десне. Здесь московское войско разделилось на две части. Одна пошла вверх рекою и переправилась через Десну, а вторая часть вошла в Новгород и закрыла за собой ворота города. Поляки, преследуя их, подошли к городу начали его осаду. Малороссийские войска с полковником Заруцким, отступив к Преображенскому монастырю, послали к городскому голове Березовскому и ко всем горожанам своих чиновников уговорить их объявить вбежавших в город московских военных пленными и открыть ворота. Однако горожане выпустили их нижними воротами к реке и дали возможность переправиться на другой берег. Поляки же, ворвавшись в город в поисках московских воинов, уничтожали все на своем пути, а узнав, что их выпустили из города, обратили весь свой гнев на горожан. Было учинено всеобщее убийство, не обращая внимания ни на пол, ни на возраст, мордовали и убивали всех без пощады. Несчастные горожане, не имея оружия, не могли сопротивляться, а только молились богу и своим убийцам, которые в лютой ненависти кололи свои жертвы. Изнасилованные женщины и девушки были перебиты, маленькие дети ползали возле своих убитых матерей и тоже были подняты на копья, или их хватали за ноги и разбивали головы о стены. Одним словом, кровь лилась рекой, а трупы валялись грудами. Некоторые из молодых жителей укрылся в замке на горе, но он не был готовым к обороне, и поляки, войдя в него без сопротивления, убили всех там находившихся, завершив все грабежом города и церкви, пожаром превратив все в пепел.
Самозванец, уничтожив город, пошел на город Севск, оттуда далее московской дорогой. Но, не доходя до города Кромы, был окружен и разгромлен московскими войсками. Малороссийские войска с командиром своим Заруцким, будучи озлобленными на поляков за новгородское побоище, помогли им слабо, а только спасли Самозванца и привезли его в Батурин, где он снова вооружился.
В ответ на польское притеснение несколько малороссийских полков, объединившись с запорожскими казаками, в 1598 году избрали себе гетманом Генерального обозного Петра Конашевича-Сагайдачного. Он первый стал называть себя как гетман Запорожский, чему следовали потом все другие гетманы, добавляя в свои титулы Войско Запорожское. Следом за ними таким же образом титуловались малороссийские полковники и сотники, да и само малороссийское войско часто называлось Запорожским. Название это закрепилось как для выделения тех полков, которые не находились в подчинении у коронных гетманов, так и для сохранения прав на выборы, которые при каждом удобном случае поляки запрещали.