В марте-апреле Свердлов в основном занят координацией сотрудничества различных политических группировок. В мае–июне он берет на себя всю партийную работу и функции генсека; назначается ЦК содокладчиком Ленина, то есть начинает играть при Ленине роль партийного комиссара. Именно Свердлов зачитывал вместо Ленина на Московской общегородской партийной конференции 13 мая «Тезисы ЦК о современном политическом положении». В протоколе заседания ЦК от 18 мая Свердлов в списке присутствующих стоит на первом месте. Заседание ЦК 19 мая — полный триумф Свердлова. Ему поручают абсолютно все партийные дела, что следовало из протокола ЦК, впервые опубликованного только в апреле 1989 года. Ленину на том заседании дали лишь одно задание, которое трудно назвать ответственным: «провести через Совнарком разрешение т. [Юрию] Стеклову на присутствие там».
Проследить дальнейший рост влияния Свердлова (и падение авторитета Ленина) по протоколам ЦК не представляется возможным, так как протоколы за период с 19 мая по 16 сентября 1918 года не обнаружены. Очевидно, что многочисленные протоколы ЦК того времени «не сохранились» именно потому, что в них в крайне невыгодном для Ленина свете выглядело все с ним происходившее.
По линии Секретариата ЦК (то есть Свердлова) вопреки воле Ленина с мая велась усиленная подрывная антигерманская деятельность в Украине. 3 мая для ослабления военной мощи Германии и подготовки коммунистического переворота в Украине ЦК большевистской партии принял две резолюции о создании украинской компартии. Текстов этих резолюций в протоколе заседания ЦК нет, и не случайно. Одна из резолюций — о выделении Украинской компартии из состава РКП(б) в самостоятельную партию — подлежала публикации. Вторая — говорила о том, что компартия Украины является составной частью РКП(б). Иными словами, публично заявив о независимости украинской компартии, ЦК снял с себя формальную ответственность за подрывную деятельность, к которой готовились большевики в оккупированной немцами Украине. Антигерманские акты могли проводиться теперь фактически открыто, без риска осложнить и без того плохие советско-германские или советско-украинские отношения. Получаемые в связи с этим германские протесты заместитель наркома иностранных дел Георгий Чичерин отклонял на том основании, что большевики России к украинским большевикам отношения не имеют. Вместе с тем в запасе оставалась вторая резолюция, напоминавшая украинским большевикам, что самостоятельной партией они не являются, а подчинены единому ЦК российской компартии.