Но Примаков разочаровал Ельцина. Он заигрывал с Думой и коммунистами, к Ельцину относился пренебрежительно, считая его политическим трупом. Все чаще и чаще в Думе звучало слово «импичмент». Ельцин понял, что Примаков-президент не сумеет обеспечить ему и его близким гарантии неприкосновенности после отставки. Поэтому в мае 1999 года Ельцин сместил Примакова и назначил премьер-министром кандидата № 2, бывшего директора ФСК, архитектора и инициатора первой чеченской войны Сергея Степашина.
Степашин тоже не подошел. Руководителю администрации президента Александру Волошину показалось, что Степашин заигрывает с главным конкурентом Ельцина на власть — с мэром Москвы Юрием Лужковым. Действительно ли Степашин планировал пойти на соглашение с Лужковым и сделать его после выборов премьер-министром или так только показалось Волошину, мы никогда не узнаем. Но в августе 1999 года Ельцин отправил Степашина в отставку и назначил на его место кандидата № 3, последнюю карту имевшейся колоды, директора ФСБ Владимира Путина. Затем, как и планировалось, 31 декабря 1999 года Ельцин ушел в отставку, Путин стал «и. о. президента», и переименование его в «президенты» стало теперь формальностью. 7 мая 2000 года Путин официально стал президентом России.
Он пришел во власть не как представитель олигархического клана или «семьи», по крайней мере — не только и не столько как их представитель, а как представитель той самой системы, в которой проработал всю свою жизнь, — как представитель КГБ. Президентский пост стал очередной должностью прикрытия. Своих коллег из госбезопасности, бывших и нынешних, он должен был теперь ввести в высшие эшелоны власти на соответствующие должности прикрытия и отдать им в управление страну — ее политику, экономику и финансы, вместе с народом.
С помощью ельцинских же олигархов, которых в конечном итоге всегда интересовали только деньги, он переподчинил себе прессу и телевидение, избирательную машину и суд, перья и голоса когда-то независимых журналистов и телеведущих. К 2004 году Путин держал в руках все ниточки управления в государстве, в том числе и прежде ретивый российский парламент, вечно угрожавший бывшему президенту импичментом.
Период путинского правления 2004–2008 годов был посвящен двум проблемам: консолидации власти Путина и ФСБ и выборам следующего президента на теперь уже действительно промежуточный период 2008–2012 годов, когда — по конституции — Путину предстояло уйти от власти, а сил и наглости переписать конституцию еще не было. Кандидатов определилось двое: Дмитрий Медведев, полностью контролируемый Путиным, и генерал КГБ/ФСБ Сергей Борисович Иванов, еще один ставленник госбезопасности. Имевший право решающего голоса в этом важнейшем вопросе Путин остановился на Медведеве, понимая, что ни на кого не опирающегося Медведева он через четыре года легко заменит собой же, а вот старшего по рангу офицера С. Б. Иванова через четыре года снять Путин уже не сможет: генерал С. Б. Иванов оттеснит полковника Путина и сам останется служить под прикрытием должности президента на второй срок, тем более, что с точки зрения ведомства не будет иметь абсолютно никакого значения, кто именно из офицеров госбезопасности руководит страной.