Дзержинский прибыл в посольство первым, чтобы забрать улики. Мюллер встретил его словами: «Что вы теперь скажете»? — и показал ему мандат Блюмкина и Андреева с подписями председателя ВЧК и его заместителя. Оставленные чекистами документы Дзержинский забрал и быстро из посольства уехал. Больше «дела Роберта Мирбаха» никто, кроме самих чекистов и редакторов быстро изъятого из продажи сборника «Красная книга ВЧК», никогда не видел52.
Так как Блюмкин был левым эсером, Ленин и Свердлов заподозрили в участии в заговоре левоэсеровскую партию. В большинстве своем левые эсеры, как и левые коммунисты, выступали против Брестского мира. Риск для Ленина заключался в том, что, узнав об убийстве Мирбаха, заседавший в эти дни в Большом театре Пятый съезд Советов встретит сообщение о покушении аплодисментами и разорвет Брестский мир, да еще и объявит о формировании нового правительства из левых коммунистов и левых эсеров. Поэтому Ленин пошел на хитрость и решил не сообщать о смерти посла, а сначала арестовать весь левоэсеровский актив, находящийся в тот момент в Большом театре.
Операцией по аресту фракции ПЛСР на съезде руководил Свердлов как председатель ВЦИКа. Комендант Кремля Павел Мальков, находившийся тогда в Большом театре, вспоминал, что около четырех часов дня к нему «подбежал запыхавшийся» комендант Большого театра и передал личный приказ Свердлова «немедленно явиться в Кремль». Через пять минут Мальков был в Кремле и «из отрывочных фраз» понял, что «левые эсеры подняли мятеж». «Все делалось удивительно быстро, четко, слаженно, — вспоминал Мальков. — Владимир Ильич и Яков Михайлович тут же на листках блокнотов писали телефонограммы, распоряжения, приказы». Через пять минут в боевую готовность привели весь гарнизон Кремля. А левых эсеров, находившихся в Кремле в войсках гарнизона и среди служащих, немедленно арестовали53.
Очередное заседание съезда Советов планировали открыть в 16:00. Фракция левых эсеров, еще не знавшая об убийстве Мирбаха, заняла места в правой части партера и лож, но в президиуме съезда было пусто. Вопреки всеобщим ожиданиям в театр не приехал Ленин.
Предполагалось, что заседание съезда откроет Свердлов. Но Свердлов так и не открыл его. Вместо этого, к удивлению левых эсеров, делегаты-большевики прошли за сцену, спустились по черному ходу вниз и покинули театр. К шести часам вечера убрали левоэсеровскую охрану съезда. Только после этого левым эсерам наконец объявили, что они задержаны в связи с событиями в городе. Сразу же пополз слух, что убит Мирбах. Общее число задержанных составило около 450 человек.