Фактическими военными действиями за пределами Большого театра руководил Троцкий как нарком по военным делам. Он задействовал в основном латышские части. «Вы разгромили одну из самых больших политических комбинаций и не знаете, кого вы громили», — сказал Троцкий двусмысленно на следующий день командиру латышей Иоакиму Вацетису, вручая ему пакет с деньгами54.
В 4 часа дня 7 июля Совнарком объявил населению, что «восстание левых эсеров в Москве ликвидировано», а «левоэсеровские отряды» обратились в бегство. В тот же день всех левых эсеров, занимавших ответственные посты в советском правительстве, сместили и заменили большевиками, а СНК образовал особую следственную комиссию по расследованию событий 6–7 июля. 9 июля Троцкий, выступивший на съезде Советов, в работе которого уже не участвовали левые эсеры, объявил о том, что партия левых эсеров «совершила окончательное политическое самоубийство» и «уже не может воскреснуть». В ответ съезд потребовал «суровой кары для преступников» и заявил, что левым эсерам «не может быть места в Советах». Все это позволило Свердлову уже 10 июля заверить большевистских делегатов съезда, что большинство арестованных левых эсеров «завтра, самое позднее послезавтра будут освобождены как явно непричастные к выступлениям»55. Операция по ликвидации партии левых эсеров была завершена56.
10 июля Свердлов доложил новообразованному на съезде ВЦИКу о возможном разрыве Брестского договора57. С возобновлением войны, видимо, смирился в те дни и Ленин. 10 июля он вызвал к себе Вацетиса, чтобы в ходе общей беседы задать вопрос, интересовавший Ленина больше всего: «Будут ли сражаться латышские стрелки с германскими войсками, если немцы начнут наступать на Москву?». Вацетис ответил утвердительно. 13 июля брат секретаря Ленина Владимира Бонч-Бруевича, перешедший на службу к большевикам генерал Михаил Бонч-Бруевич, сказал Вацетису, что Россия «вступает снова в мировую войну вместе с Францией и Англией» против Германии: «это дело уже налажено»58.
Предупредительная вежливость советского правительства по отношению к Германии исчезла. Оно отказалось присутствовать на религиозной церемонии у гроба убитого германского посла, а на траурные проводы тела Мирбаха в Германию явился только Чичерин, и то с опозданием на час, тем самым заставив всю процессию ждать. Чичерин был человеком исключительной пунктуальности, и его поведение немцы рассматривали как вызов. К тому же он появился без головного убора — чтобы не снимать шляпы при проводах гроба посла, в неряшливом виде, и это тоже произвело на немцев соответствующее впечатление.