Вечером 30 августа, после покушения на Ленина, была задержана еще одна женщина — «обывательница» М. Г. Попова, задававшая после выступления Ленину у машины бытовые вопросы и раненная одной из пуль. Ее перевязали в Павловской больнице, где Попова служила кастеляншей, и отвезли в Замоскворецкий военкомат (куда отвезли и Каплан). Причиной ареста Поповой послужили показания милиционера А. А. Сухотина: «Шагах в 4-х от т. Ленина на земле лежала женщина на вид лет 40. Последняя кричала: “Я ранена. Я ранена” — а из толпы кричали: “Она убийца”. Я бросился к этой женщине вместе с т. Калабушкиным, подняли ее и отвели в Павловскую больницу»78.
Из Замоскворецкого комиссариата по требованию Петерса Каплан и Попову в разных машинах перевезли в тюрьму ВЧК на Лубянке. С Каплан в автомобиле ехал сотрудник ВЧК Григорий Александров. С Поповой — на грузовике Красного Креста — «чекистка-разведчица» Зинаида Лёгонькая.
На Лубянке арестованных ждали нарком юстиции Д. И. Курский, член коллегии наркомата юстиции М. Ю. Козловский, секретарь ВЦИКа и доверенный Свердлова В. А. Аванесов, Петерс и заведующий отделом ВЧК по борьбе с контрреволюцией Н. А. Скрыпник. Позже прибыл Свердлов.
В течение четырех дней — с 30 августа по 2 сентября — допросили более сорока свидетелей. Однако последний известный нам допрос Каплан датирован 31 августа.
Допросы Каплан в ВЧК велись сухо и формально. Все шесть допросов были проведены в течение 24 часов после ее задержания, и они были очень короткими. Ее допрашивали разные люди, задававшие одинаковые вопросы. Все показания Каплан давала на себя сама. Никаких улик против нее в распоряжении следствия не было. Опознать ее никто не мог. Оружия при ней тоже не нашли. Результаты обыска, проведенного в Замоскворецком комиссариате тремя женщинами — Лёгонькой, Д. Бем и З. Удотовой, — хорошо известны из запротоколированных показаний Бем и Удотовой, данных 30 августа 1918 года. Найдено ничего подозрительного не было79.
Подписать Каплан согласилась только два протокола допросов. Никакой интересующей чекистов информацией Каплан не располагала, и ничего вразумительного о покушении на Ленина она не сообщила. Кто ею руководил, кто ей помогал вести слежку, кто снабдил ее оружием? Об этом нет ни слова. И, конечно же, не потому, что чекисты не могли выбить из Каплан показания. Не будем давать волю воображению и фантазировать на тему о том, как именно в ВЧК могли пытать террористку, только что стрелявшую в «вождя мировой революции», если требовалось получить от нее показания и узнать имена сообщников. Было очевидно, что по каким-то причинам показания Каплан всерьез никого не интересовали. Попову же, наоборот, продержали в тюрьме ВЧК до начала октября. 31 августа в качестве заложников арестовали и поместили в тюрьму ВЧК мужа и двух дочерей Поповой. Впрочем, их чуть ли не в тот же день выпустили80.