18 сентября 1919 г. председатель ВЧК Дзержинский выступил на объединенном заседании Политического и Организационного бюро ЦК РКП(б) с докладом о полученных сведениях относительно начала вооруженного восстания и получил поддержку плана ликвидации серьезной угрозы. Ночью этого же числа были произведены аресты членов штаба «ДАРМ» и многих, подчиненных им заговорщиков. Всего за несколько часов удалось арестовать около 700 человек. Понятно, что не все из них реально были готовы к выступлению, многие записывались в подпольную организацию, чтобы регулярно получать пусть и небольшие денежные средства, но позволявшие материально поддерживать свои семьи. Но каждый из этих офицеров дал на допросах существенные для расследования дела показания. В частности выяснилось, что в течение года в Москву несколько раз приезжал начальник одного из важных подразделений разведки штаба генерала Деникина — полковник В. Д. Хартулари и не только для получения информации о планах и замыслах командования Красной армии. Он прежде всего добивался синхронизации начала выступления заговорщиков с операциями наступающих на Москву белых войск. Было также установлено, что от штаба адмирала Колчака в распоряжение «НЦ» и «ДАРМ» было доставлено несколько миллионов рублей на подготовку вооруженного восстания.
Почти все главари заговорщиков (и гражданские и военные лица) понесли заслуженное наказание.
Завершая рассмотрение операции по ликвидации «НЦ» и «ДАРМ», следует отметить, что ее проводил Особый отдел ВЧК, который к этому времени уже возглавил Дзержинский, оставаясь руководителем всего чекистского ведомства. Можно с полным основанием утверждать следующее — оперативная, а затем и следственная работа сотрудников Особого отдела по «НЦ и «ДАРМ» спасла большевистское правительство и вообще советскую власть в тяжелейший период. Недаром глава большевистской парии и председатель Совнаркома Ленин лично давал Дзержинскому указания по рассматриваемому делу и заслушивал последнего о ходе их исполнения.
В августе 1921 г. ВЧК опубликовала в центральных газетах сообщение о раскрытии в Петрограде антисоветского заговора, в котором участвовали несколько подпольных групп. Основной из них являлась «Петроградская боевая организация» (ПБО) во главе с профессором В. Н. Таганцевым. Чекистами было арестовано более 834 человек, из них осуждены 221. По постановлению Петроградской ЧК все основные руководители ПБО и иных групп за совершенные и доказанные шпионско-подрывные действия были расстреляны. При этом напомним, что расследование дела ПБО велось после пресечения Кронштадского мятежа, в накаленной до предела политической атмосфере, явно не способствовавшей вынесению более мягкого приговора. В числе расстрелянных был и известный русский поэт Н. С. Гумилев, поскольку он активно содействовал подготовке прокламаций антисоветского содержания, обещал главе подпольной организации создать группу интеллигентов, которые примут участие в восстании. Он получил и хранил 200 тысяч рублей, предназначенных для повстанцев, и получил их непосредственно от главы ПБО — Таганцева.