При чрезвычайных комиссиях учреждался институт уполномоченных по санитарной части. При ВЧК была создана специальная разъездная санитарная комиссия. Уполномоченным ВЧК по санитарной части был назначен член коллегии ВЧК, врач по специальности М. С. Кедров. В ноябре 1919 г. ВЧК и Наркомздрав издали приказ «О мерах борьбы с разрухой в санитарном отношении». Чрезвычайным комиссиям предписывалось следить за санитарным состоянием казарм, госпиталей, учебных заведений, станций, пунктов эвакуации и питания, воинских эшелонов, оказывать содействие органам здравоохранения в организации санитарных кордонов. Чрезвычайные комиссии, выполняя приказ ВЧК, помогали органам здравоохранения создавать госпитали, карантинные пункты, изыскивали медикаменты, организовали сбор белья для больных, привлекали к ответственности должностных лиц, отвечающих за санитарное состояние района или объекта, за халатное отношение к своим обязанностям. Благодаря усилиям партийных, советских и чекистских органов весной 1920 г. удалось сбить волну эпидемии в Советской России.
Для восстановления разрушенной экономики требовалось огромное количество рабочих рук. 29 января 1920 г. Совнарком принял декрет о введении в стране всеобщей трудовой повинности. Согласно этому документу каждый гражданин, независимо от того, работает он или нет, мог быть привлечен к заготовке дров, очистке от снежных заносов железнодорожных путей, сельскохозяйственным, строительным, санитарным и другим работам.
В связи с принятием Совнаркомом декрета о всеобщей трудовой повинности Президиум ВЧК в конце февраля 1920 г. направил всем чрезвычайным комиссиям приказ, в котором обязал осуществлять контроль за проведением этого декрета в жизнь, усилить борьбу с саботажем.
Таким образом, в период мирной передышки 1920 г. органы ВЧК выполняли ответственные поручения РКП (б) и Советского правительства в области борьбы с хозяйственной разрухой. Несмотря на то, что эти задания нередко не соответствовали обычным функциям чекистских органов, тем не менее, они, как правило, выполнялись успешно. Для ликвидации разрухи требовалась строжайшая дисциплина, твердый революционный порядок, беспощадное пресечение разгильдяйства. Чекисты следили за исполнением всеми гражданами, организациями и учреждениями законов, привлекали к ответственности лиц, нарушавших или не исполнявших декреты и постановления Советской власти.
Однако с началом советско-польской войны в апреле 1920 г. мирные, хозяйственные задачи, решаемые органами ВЧК, были отодвинуты на второй план. В ряде циркулярных писем и приказов ВЧК потребовала от своих органов как можно быстрее освободить советский тыл от враждебных элементов. На Западный фронт для усиления чекистских органов она направила свои лучшие кадры. На борьбу с польской армией были брошены десятки батальонов войск ВЧК. Особый отдел ВЧК для пресечения подрывной и разведывательной деятельности польской разведки создал ряд специальных оперативно-чекистских групп во главе с особоуполномоченными ВЧК А. Х. Артузовым, Р. А. Пиляром, С. Л. Аграновым и другими. На Западном фронте совершенствовали свое оперативное мастерство многие чекисты, которые позднее вступят в «игру» с Б. В. Савинковым, С. Рейли и другими противниками большевиков.