Одновременно с раскрытием организации П. Дюкса чекистам удалось ликвидировать связанную с ним резидентуру французской разведки. Петроградская ЧК совместно с Особым отделом 7-й армии арестовала французского резидента Э. В. Бажо и участников возглавляемой им шпионской организации.
В феврале 1920 г. ВЧК арестовала группу контреволюционеров, в том числе профессоров Н. Н. Виноградова, С. А. Котляровского и других. На допросе они показали, что являлись членами руководящего контрреволюционного подпольного объединения, именуемого «Тактический центр». На основе их показаний были установлены и арестованы руководители «Тактического центра» — Д. М. Щепкин, С. М. Леонтьев, С. Е. Трубецкой и С. П. Мельгунов.
Осенью 1919 г. органы ВЧК занимались не только борьбой с контрреволюцией и шпионажем, но их усилия были направлены и на преодоление хозяйственной разрухи в стране. В это время на ВЧК была возложена задача оказать помощь партийным и советским органам в преодолении топливного кризиса, который грозил парализовать промышленность и транспорт.
Вопрос о борьбе с топливным кризисом несколько раз обсуждался на заседаниях коллегии и Президиума ВЧК. Всероссийская чрезвычайная комиссия наметила конкретные меры, предусматривавшие участие чекистских органов в топливной кампании. Транспортные ЧК производили учет топлива, скопившегося у железных дорог, организовывали погрузку заготовленных дров и их отправку в города. Они привлекали к ответственности должностных лиц, допускавших злоупотребления в заготовке, транспортировке и распределении топлива, а также граждан, уклонявшихся от трудовой повинности.
В период решающих боев на фронтах Гражданской войны органы ВЧК продолжали бороться со спекуляцией. Так Московская чрезвычайная комиссия раскрыла крупные злоупотребления в мастерских военного оборудования, обнаружила тайные склады товаров, разоблачила спекулянтов золотом и серебром. С мая по август 1919 г. отделения МЧК по борьбе со спекуляцией расследовали 60 крупных и множество мелких дел. Только за один месяц было конфисковано около 2 млн рублей.
Наряду с борьбой против контрреволюции и спекуляции, за преодоление хозяйственной разрухи, чекистские органы в 1919–1920 гг. выполняли и другие важные задания Советского правительства. В это время ВЧК была привлечена к борьбе с эпидемиями, которые на почве голода, отсутствия медикаментов, мыла и белья разрастались до небывалых размеров. Только от тифа в 1919–1920 гг. погибло больше людей, чем на фронтах Гражданской войны. 8 ноября 1919 г. Совет обороны образовал Особую Всероссийскую комиссию по улучшению санитарного состояния страны. В нее входили В. И. Ленин, Ф. Э. Дзержинский, нарком здравоохранения РСФСР Н. А. Семашко и другие.