Начиная с 1920 г. органы ВЧК начинают усиливать репрессивные меры против членов партии меньшевиков. Секретный отдел ВЧК, в ведении которого находилась борьба с антисоветскими партиями, 1 декабря 1920 г. в циркулярном письме предложил «использовать военное положение» для сбора обвинительного материала против меньшевиков и «привлекать их к ответственности как спекулянтов, контрреволюционеров и за преступления по должности». Вскоре на всей территории Советской России начались аресты и ссылки меньшевиков.
В 1920 г. органам ВЧК приходилось решать и ряд других неотложных задач: подавление контрреволюционных восстаний в Сибири, Поволжье и других регионах Советской России, борьба с буржуазными националистами и бандитизмом на Украине, наблюдение за старыми военными специалистами, борьба с дезертирством, снежными заносами, пожарами и т. п. Фактически не было ни одной сложной проблемы, к решению которой не привлекались бы органы и войска Всероссийской чрезвычайной комиссии.
Таким образом, ВЧК, сформировавшаяся в годы гражданской войны, представляла собой качественно новый тип органов государственной безопасности. Главные отличия заключались в идеологизации Комиссии, глобальности решаемых ею задач, обширности полномочий, мощности и разветвленности аппарата, а также массовости репрессий. ВЧК выполняла функции боевого органа «непосредственной расправы», разведки, контрразведки, политического розыска, следствия, суда, охраны границ, правительства и множества других. Именно ВЧК обеспечила большевикам победу в гражданской войне. В то же время следует отметить, что созданная в чрезвычайных условиях в годы гражданской войны ВЧК еще не представляла из себя в полной мере специальную службу государства. Соединение в одном органе многих разнородных функций в чем-то предвосхищало дальнейшее развитие спецслужб.