Организационно все перечисленные контрразведывательные органы входили в состав Военно-морского министерства.
Отсутствие единого руководства, а соответственно и координации, взаимодействия между контрразведывательными подразделениями тыла, фронта и флота негативно сказывались на эффективности борьбы со шпионажем.
Оперативно-розыскная работа органов российской контрразведки регламентировалась в период 1914–1916 г. несколькими ведомственными нормативными актами. В тыловых районах страны в полном объеме сохраняло свою силу «Положение о контрразведывательных отделениях» 1911 г. На театре военных действий основным руководящим документом стало «Наставление по контрразведке в военное время», утвержденное Верховным Главнокомандующим 6 июня 1915 г. В свою очередь, военно-морская контрразведка опиралась в своей работе на «Положение о морской контрразведывательной службе», подписанное морским министром генерал-адъютантом И. К. Григоровичем 28 декабря 1916 г. Февральская революция 1917 г. и связанные с нею события не могли не отразиться на судьбе органов российской контрразведки. 23 апреля новое правительство утверждает «Временное положение о контрразведывательной службе во внутреннем районе», а 2 мая 1917 г. — «Временное положение о контрразведывательной службе на театре военных действий».
Принятые нормативные акты вносили существенные изменения и в организационную структуру органов контрразведки.
Они сводились в основном к большей централизации и координации деятельности контрразведывательных органов. Общее руководство всей сухопутной контрразведывательной службой возлагалось на генерал-квартирмейстера Генерального штаба. Кроме того, он отвечал за координацию деятельности российских контрразведывательных органов в целом через посредство начальников штаба Верховного Главнокомандующего и Морского Генерального штаба.
В ГУГШ создавались Контрразведывательная часть обер-квартирмейстера (КРЧ), Центральное контрразведывательное отделение (ЦКРО) и Центральное бюро (ЦБ).
На КРЧ, в частности, возлагались контроль и координация деятельности контрразведывательных органов внутренних военных округов; ЦКРО занималось организацией заграничной контрразведывательной службы, противодействием иностранному «дипломатическому» шпионажу, а также выявлением и разработкой неприятельских агентов, проникших в высшие военные учреждения (за исключением военно-морских); Центральное бюро отвечало за сбор и обработку информации о разведывательно-подрывной деятельности иностранных разведок, поступавшей из местных органов контрразведки.