На театре военных действий за руководство контрразведывательной службой отвечал второй генерал-квартирмейстер штаба Верховного Главнокомандующего. Как и в ГУГШ, при штабе Верховного Главнокомандующего были образованы Контрразведывательная часть для руководства всеми КРО фронтов и армий, а также контрразведывательное отделение, отвечавшее за борьбу со шпионажем в районе дислокации самого штаба.
Проведенные организационные преобразования следует признать в целом положительными, так как они помогали отчасти разрешить застарелые проблемы, связанные с отсутствием единого руководства контрразведкой. Однако новое осложнение политической обстановки в стране, революция октября 1917 г. до основания потрясли вооруженные силы. К марту 1918 г. прекратили свое существование прежние штабы фронтов, военных округов, армий и корпусов, а вместе с ними было расформировано и большинство контрразведывательных подразделений.
Внешняя разведка на рубеже XIX–XX вв. осуществлялась в Российской империи силами многих ведомств. Но основной объем этой работы выполняли Министерство иностранных дел, Военное и Военно-морское министерства.
В рамках МИД координацией сбора интересовавшей российское правительство политической информации за рубежом занимался Департамент внешних сношений, в состав которого входили российские дипломатические представительства за рубежом. Последние и являлись фактически исполнительными органами внешнеполитической разведки на местах. По состоянию на 1912 г. всего за рубежом насчитывалось 175 штатных российских посольств, миссий, консульств и т. п. Специальных структур внутри МИД и в посольствах, которым бы поручали вести разведывательную работу, не существовало. В качестве непосредственных организаторов разведывательной работы за рубежом выступали главы российских дипломатических представительств.
В рамках центрального аппарата МИД активную работу проводил Цифирный отдел, решавший задачи по созданию шифров и дешифровке перехваченной российской разведкой иностранной дипломатической переписки.
Только в апреле 1916 г. в МИД был создан Осведомительный отдел, который занимался добыванием информации за рубежом, обобщал поступавшие из различных источников, включая агентурные, сведения и докладывал их руководству МИД и страны.
Общее руководство военной разведкой, как и военной контрразведкой, осуществляло Особое делопроизводство ГУГШ Военного министерства. Оно отвечало, в частности, за выработку единой программы разведывательной деятельности, а также ведало военными агентами (атташе) России за рубежом.