На территории собственно Российской империи на протяжении второй половины 1880-х — 1890-е гг. имели место отдельные покушения революционеров на представителей власти, но в целом этот период был более спокойным в плане террористической деятельности. Неудачей закончилась подготовка к убийству Александра III, назначенному на 1 марта 1887 г. Полиции удалось предотвратить террористический акт и 15 членов кружка, в том числе А. И. Ульянов, были арестованы и преданы суду.
Ведущую роль в борьбе с остатками групп народников играло Московское охранное отделение во главе с С. В. Зубатовым. В 1894 г. оно разгромило партию «Народное право» М. А. Натансона и раскрыло ее типографию в Смоленске. В Москве был выявлен террористический кружок студента Распутина, поставивший целью убийство Николая II во время приезда царя в этот город на коронационные торжества.
В 1900 г. С. В. Зубатов и его подчиненные активно работали по «Рабочей партии политического освобождения России». В конечном итоге сотрудникам политического сыска удалось арестовать в северо-западных губерниях России ряд активных членов партии, а также захватить ее минскую типографию.
Удары, нанесенные полицией по революционерам были весьма ощутимыми. Но Департаменту полиции МВД не удалось остановить рост революционного движения и возникновение новых политических партий. В 1897 г. возник «Всеобщий еврейский рабочий союз в Литве, Польше и России» («Бунд»), объединивший все еврейские социал-демократические группы. В 1898 г. в Минске состоялся съезд, на котором была образована «Российская социал-демократическая рабочая партия» (РСДРП). В январе 1902 г. за границей официально была образована «Партия социалистов-революционеров» с центральным печатным органом «Революционная Россия» и девизом «В борьбе обретешь ты право свое!» Наблюдая за попытками социал-демократов встать во главе рабочего движения, начальник Московского охранного отделения С. В. Зубатов пришел к идее создания лояльного царскому правительству мирного профессионального рабочего движения. Такая «легализация» рабочего движения получила впоследствии название «зубатовщины».
В Москве был образован ряд рабочих кружков, где проводились соответствующие лекции и занятия. Одновременно, зная через агентуру о реальном положении на фабриках и заводах, охранное отделение приходило на помощь рабочим в случае несправедливых действий администрации. На 1902 г. пришелся расцвет зубатовских организаций в Москве. 22 февраля они устроили 45 тысячную манифестацию с возложением венка к памятнику царю — «освободителю» Александру II.