В июне 1906 г. «максималисты» развернули подготовительную работу для организации покушения на П. А. Столыпина. За ним была организована слежка, оборудована сеть конспиративных квартир, паспортных бюро и мастерских по изготовлению бомб, приобретено два автомобиля, собственные конные выезды. 12 августа 1906 г. дача П. А. Столыпина на Аптекарском острове под Петербургом была взорвана тремя «максималистами», переодетыми в форму жандармских офицеров. В результате взрыва часть двухэтажной дачи была разрушена, 24 человека убито и более 30 ранено.
В ответ на это покушение, а также убийства других должностных лиц, 24 августа 1906 г. Николай II подписал «Положение о военно-полевых судах». Введение таких судов, формируемых из армейских офицеров, преследовало цель «достаточно быстрой репрессии за преступления, выходящие из ряда обыкновенных». Решения военно-полевых судов не подлежали обжалованию и приводились в исполнение в течение 24 часов с момента вынесения приговора. Как показала практика, самым распространенным приговором военно-полевых судов являлась смертная казнь.
После покушения на П. А. Столыпина Петербургское охранное отделение усилило работу по выявлению и пресечению деятельности организаций «максималистов». Были обнаружены конспиративные квартиры, лаборатории и т. п. Ряд «максималистов» задержали при выезде из России за границу. Наступление охранных учреждений на эсеров — «максималистов» было предпринято по всей территории империи.
26 ноября 1906 г. на улице в Петербурге был опознан филерами и арестован руководитель Исполкома М. И. Соколов по кличке «Медведь», а через непродолжительное время Н. С. Климов, Н. П. Юдин, А. Л. Поддубовский и многие другие «максималисты».
Что касается основной партии эсеров, то, убедившись, что правительство не идет на уступки Государственной Думе, ЦК партии социалистов-революционеров уже в июне 1906 г. принял решение возобновить террор. Руководителем БО партии вновь был назначен секретный сотрудник Департамента полиции Е. Ф. Азеф, что создавало политической полиции благоприятные возможности для предотвращения покушений.
По мнению начальника Петербургского охранного отделения А. В. Герасимова, следовало создать в партии эсеров и ее БО мнение о полной невозможности террора против царя и высших чиновников правительства. В этих условиях арест членов Боевой организации не входил в планы охранного отделения. Все усилия были направлены на то, чтобы боевики постоянно шли по ложному следу и, в конце концов, измученные безрезультативностью работы, теряли веру в смысл своей деятельности. Благодаря царившей в БО строгой дисциплине, возможность бесконтрольных действий боевиков в обход Азефа была сведена к минимуму.