Однако результаты этой сложной операции оказались не совсем удовлетворительными. После ряда неудачных покушений осенью 1906 г. на заседании ЦК партии Азеф выступил с предложением прекратить «центральный террор» и распустить БО. В результате длительного обсуждения было принято решение принять отставку Азефа и солидарного с ним Савинкова, распустить БО и создать особый Боевой отряд из тех ее членов, которые выразили желание продолжить работу по террору.
После ухода Азефа и роспуска БО Департамент полиции оказался в сложном положении: террористическая работа стала вестись несколькими самостоятельными группами. Основной из них был Боевой отряд при ЦК партии во главе с Зильбербергом. Небольшая специальная группа была создана для подготовки покушения на петербургского градоначальника В. Ф. Лауница. Третий отряд был создан самостоятельно латышом А. Д. Траубергом («Карлом»).
Вновь образованные террористические группы отказались от старой тактики организации покушений, которая заключалась в длительном изучении обстановки на месте. Находясь на территории Финляндии, пользовавшейся автономными правами, они действовали короткими наездами. В конце 1906 — начале 1907 гг. им удалось совершить ряд покушений, в том числе убить начальника Дерябинской тюрьмы, главного военного прокурора Павлова, петербургского градоначальника фон-дер Лауница.
Петербургское охранное отделение первоначально не располагало внутренней агентурой во вновь созданных террористических организациях и не могло пресечь их деятельность. Но через определенное время через Азефа и других внутренних агентов удалось собрать информацию о местонахождении групп, данные на многих террористов, включая описание их внешности.
В октябре 1907 г. политическая полиция получила разрешение проводить соответствующие мероприятия на территории Финляндии, после чего были проведены обыски и аресты террористов как на финской территории, так и непосредственно в Петербурге. Последние «летучие» отряды эсеров-террористов были уничтожены.
Первая русская революция закончилась победой правительственных сил. Большую роль в подавлении революционных выступлений сыграло то обстоятельство, что в 1905–1907 гг. более 70 % губерний страны были объявлены на положении «чрезвычайной» и «усиленной» охраны.
По воспоминаниям А. В. Герасимова, в течение зимы 1908–1909 гг. в Петербурге не существовало ни одной типографии, не выходило ни одной нелегальной газеты, не работала ни одна революционная организация. Значительный моральный удар по партии эсеров нанесло разоблачение провокаторства Азефа.