Все эти действия опытных военных руководителей уже не могли изменить ситуацию. Подавляющее большинство офицеров-контрразведчиков ко времени получения вышеуказанного распоряжения были уже уволены, а отдельные — подверглись репрессиям и даже были убиты. Типичную обстановку тех дней обрисовал в своем докладе руководству начальник КРО штаба Двинского военного округа. Он, в частности, сообщал, что деятельность отделения практически парализована, поскольку офицеры и другие сотрудники неоднократно задерживались, к ним применялись меры физического воздействия, угрожали расстрелом. Прямо в Таврическом дворце был арестован начальник КРО штаба Петроградского военного округа полковник В. М. Якубов, прибывший туда добровольно и с рапортом о готовности добросовестно служить новой власти. Не дождавшись возвращения руководителя, личный состав отделения прекратил работу, а в начале марта помещение, где размещалась контрразведка, подверглось полному разгрому «революционной» толпой. Большинство сотрудников были арестованы. Они почти месяц провели в тюрьме без предъявления каких-либо обвинений.
Несмотря на ходатайства высших военных чинов и заслуги в деле борьбы со шпионажем был уволен от должности начальника Центрального военно-регистрационного бюро (контрразведки. — А. З.) Главного управления Генерального штаба полковник В. Г. Туркестанов, откомандированный из Отдельного корпуса жандармов в военное ведомство еще в 1911 г. для организации КРО штаба Московского округа. По решению Временного правительства арестовали и бывшего начальника контрразведывательного отделения Генерального штаба жандармского полковника В. А. Ерандакова. Не найдя ничего предосудительного непосредственно в его работе на указанном посту, председатель особой следственной комиссии Временного правительства сенатор В. А. Бальц возбудил уголовное дело по фактам «злоупотреблений» в контрразведке вообще. Не зная существа расследования, «демократическая» пресса уже обвинила Ерандакова в совершении преступлений против народа.
Все больше и больше значения предавали вопросу о якобы имевших место серьезных нарушениях со стороны офицеров КРО, а 11 октября это рассматривали даже на заседании правительства. В газетном отчете сообщалось, что упомянутый выше сенатор Бальц убеждал участников заседания, что «область злоупотреблений по борьбе со шпионажем требует образования особого органа власти для расследования, т.к. такого рода следственная организация обнимет деяния должностных лиц, извращавших задачи борьбы со шпионажем и служивших в действительности борьбе с общественностью, отдельными национальностями и промышленностью страны». В итоге Временное правительство учредило Особую следственную комиссию под председательством сенатора Н. Н. Чебышева при участии представителей адвокатуры и военного ведомства.