Вместе с тем, в одном из циркуляров Ставки ВГК говорилось: «Политика в круг ведения контрразведывательной службы не входит. Однако, руководящие политические центры и вожаки, а также и более мелкие исполнители в случае подозрительных действий или тенденций, дающих основание подозревать в их деятельности — руководство и снабжения денежными средствами из враждебных нам стран подлежат безусловному обследованию... Необходимо обратить внимание на деятельность наиболее активных и крайних агитаторов в «больных частях войск, будь то солдаты или офицеры».
Главное управление Генштаба в директиве штабам военных округов обращало внимание на стремление отдельных КРО ограничиться только борьбой с немецким шпионажем и не прилагать должных усилий к выявлению и пресечению контрабанды пацифистской, националистической и враждебной политической литературы, к предотвращению взрывов заводов.
Однако надо отметить, что подобные выводы стали появляться только в середине года. До этого времени КРО находились в активной стадии реорганизации, замены личного состава и не смогли бы реализовать указания высших штабов.
Иначе обстояло дело в Петрограде. Руководитель КРО ПВО капитан Никитин расходился по принципиальным вопросам с генерал-квартирмейстером ГУГШ Потаповым и считал необходимым активно вести работу против большевиков, расценивая их действия как способствующие военному противнику в подрыве боеспособности русской армии. Следует отметить, что, будучи участником комиссии по выработке «Временного положения о контрразведывательной службе», он был одним из тех, кто настоял на расширительном толковании основной задачи контрразведки, что несомненно привело к политизации ее деятельности.
При прямой поддержке министра юстиции П. Н. Переверзева, он не просто возродил аппарат КРО столичного военного округа, но и в отличие от дореволюционного времени, почти на порядок увеличил его штатную численность, доведя ее почти до 170 человек. Позднее Никитин писал, что превратил отделение в целый департамент. Для сравнения можно отметить, что штат КРО фронтового штаба до мая 1917 года составлял всего 48 единиц.
В обход Контрразведывательной части ГУГШ Никитин установил прямые контакты с представителями спецслужб союзников России по Антанте и в тесном взаимодействии с ними направил основные усилия на разработку большевиков.
По оценке Переверзева, являвшегося в тот период министром юстиции, деятельность КРО штаба ПВО в бытность начальником этого органа Б. Никитина была очень успешной. В частности, доведение до представителей воинских частей Петроградского гарнизона некоторых материалов о якобы причастности сторонников В. И. Ленина и его самого к германской разведке, использование отделением возможностей прессы в дни июльского выступления большевиков, позволило Временному правительству удержаться у власти.