Переверзев при поддержке Керенского вскоре и сам предпринял меры к созданию еще одного аппарата тайной борьбы. Временное правительство на своем заседании 15 июня 1917 г. постановило отпустить из государственной казны на организацию в Минюсте «секретного наблюдения за враждебной деятельностью агентов, находящихся в войне с Россией стран». Эти средства составляли сто тысяч рублей, что более чем в два раза превышало кредит, выданный военными на содержание КРО штаба Петроградского округа. Новая структура получила наименование «Отдел контрразведки».
Министр юстиции 3 июля 1917 г. утвердил положение об указанном отделе. Его задачи определялись следующим образом:
1) борьба со шпионажем воющих с Россией держав;
2) борьба с попытками насильственного восстановления старого строя.
Таким образом, впервые в истории России была предпринята попытка создать спецслужбу вне военного ведомства, соединяющую в себе функции контрразведки и политической полиции. Фактически речь шла о том, что эта служба под прикрытием контрразведки выявляла бы нелояльные Временному правительству элементы, в том числе в среде военных, включая и генералитет.
В Главном управлении Генерального штаба поначалу отнеслись к инициативе Переверзева нейтрально. На присланном в ГУГШ положении от ОКР Минюста, куратор военной контрразведки полковник М. Ф. Раевский наложил следующую резолюцию: «Возражений с нашей стороны быть не может, ибо политический розыск... и должен был брать на себя Министр юстиции». Давая абсолютно верную оценку задач вновь созданного органа, Раевский не возразил относительно использования им названия «контрразведка», что вскоре привело к всплеску недоверия к КРО в действующей армии и тыловых округах.
Положение об ОКР МЮ предусматривало подчинение его непосредственно министру, который и назначал всех ответственных руководителей отдела, давал руководящие указания и контролировал их выполнение.
По линии контрразведки Отдел должен был тесно взаимодействовать с соответствующими подразделениями военного и морского министерств, а по линии защиты государственного строя — с МВД и его местными органами. Для осуществления своих задач ОКР мог при необходимости учреждать свои территориальные органы, которым обеспечивалось полное содействие местных отделений армейской и флотской контрразведки, а также прокурорских работников.
Сказанное выше позволяет сделать вывод, что предусматривалась возможность создания строго централизованной по вертикали структуры, напрямую подчиненной министру юстиции через Отдел контрразведки. Фактически на новом витке исторического развития материализовалась схема построения системы органов царской секретной полиции. Переверзев своим решением даже предоставил Отделу контрразведки право производства всех следственных действий, включая и аресты подозреваемых лиц, чего до мая 1917 г. были лишены военные контрразведчики.