Несмотря на важность стоящих перед спецслужбами задач, им все же не удалось справиться с заговорами в армейских частях, что нередко приводило к переходу на сторону большевиков целых подразделений, гибели офицеров, потере материальной части и деморализации остающихся верными правительству войск, что самым тяжелым образом отражалось на общей ситуации на фронте. Причина этого кроется, прежде всего, в несогласованности действий сотрудников контрразведки и военных, а также недостатках в подборе и расстановке кадров спецслужб.
В конце 1919 г. поражение армии Колчака и ее отступление из Сибири становится очевидным. 4 января 1920 г. Колчак сложил с себя все полномочия с передачей верховной власти Деникину. Вместе с расформированием штаба Восточного фронта прекратила свое существование и система спецслужб белогвардейского государственного образования на Востоке России.
Что же происходило внутри советской республики? К осени 1918 г. страна оказалась охвачена Гражданской войной. Под контролем большевиков оставалась лишь центральная Россия. В этих условиях активизировали свою деятельность различного рода подпольные организации.
Наиболее серьезной из них был «Национальный центр», образованный в июне 1918 г. Его возглавляли кадеты. Участники «Национального центра» занимали крупные посты в ряде советских учреждений. Несколько тысяч бывших царских офицеров (как мобилизованных в Красную армию, так и не занимавших официальных должностей) состояли в связанной с «Национальным центром» так называемой «Добровольческой армии Московского района». Они собирали секретные сведения и передавали их разведкам «Белых армий» и стран Антанты. Активно боролась против Советской власти в 1918–1919 гг. и крупная монархическая организация «Орден романовцев». Она была создана еще в 1917 г. бывшими царскими офицерами — сотрудниками штабных учреждений советского Южного фронта, дислоцировавшихся в Тамбовской губернии. В нее входили также коммерсанты, гимназисты, бывшие кадеты Морского корпуса. Своей целью организация провозгласила борьбу за восстановление монархии в России.
В первой половине 1919 г., когда развернулось наступление армий А. В. Колчака, А. И. Деникина, Н. Н. Юденича и белополяков, почти в каждом крупном городе прифронтовой полосы, в каждом губернском центре были организации белогвардейцев, которые развернули широкую подрывную работу.
Наряду с заговорами, шпионажем и диверсиями противники большевиков использовали и наиболее острую форму борьбы — террор. 20 июня 1918 г. эсеры убили комиссара печати, пропаганды и агитации Петрограда В. Володарского (М. М. Гольдштейна). 30 августа убили председателя Петроградской ЧК М. С. Урицкого. В этот же день было совершено покушение на жизнь большевистского лидера, председателя Совнаркома В. И. Ленина.