Примерно в это же время на Востоке России, начиная с августа 1918 г., происходил процесс объединения всех антибольшевистских сил и воинских формирований, завершившийся 24 сентября созданием правительства сторонников Учредительного собрания — Всероссийского Временного правительства. С объединением вооруженных сил началась реорганизация системы военного управления, в т. ч. спецслужб, которая в итоге была построена по образцу и подобию царской армии. Во главе стояла Ставка Верховного Главнокомандующего и его рабочий орган — штаб Ставки — для управления всеми частями и соединениями Сибирской и Народной армий. В ноябре в управлении первого генерал-квартирмейстера было образовано контрразведывательное отделение.
Однако к концу 1918 г. ситуация на Восточном фронте складывалась не в пользу противников новой власти. Их войска оставили Ижевск и готовились к обороне по Уральскому хребту. Большевики собирали силы для удара по северному флангу. Спасти критическое положение демократическая власть оказалась не в состоянии. 18 ноября 1918 г. в Омске произошел переворот, в результате которого адмирал А. В. Колчак отстранил от власти «Уфимскую директорию» и установил военную диктатуру в Сибири. Он был провозглашен Верховным правителем Российского государства и Верховным главнокомандующим всеми сухопутными и морскими вооруженными силами России.
В 1919 г. органы контрразведки и военного контроля адмирала Колчака подвергались структурным реорганизациям несколько раз. Но каждый раз органам военной контрразведки вменялось в обязанность следить за военнослужащими, а службам военного контроля (фактически являвшимися политической полицией) — за гражданскими лицами. Такое разделение функций объяснялось Гражданской войной и намерением в будущем ограничить работу контрразведки только борьбой со шпионажем, а военный контроль, обеспечивающий порядок и общественное спокойствие, передать органам внутренних дел.
Несмотря на это в январе–феврале 1919 г. контрразведка «белых» предотвратила две крупные попытки организации мятежа в Омске, перехватив «большевистскую руку» еще до того, как коммунисты подняли на восстание солдат местного гарнизона и рабочих.
В течение весны 1919 г. органы контрразведки нанесли удары по большевистскому подполью. Фактически было ликвидировано единое руководство партии большевиков в Сибири: были арестованы, а затем расстреляны члены Сибирского комитета РКП(б). В апреле 1919 г. через специально засланного агента, который сообщил место и время проведения сверхсекретного заседания подпольщиков, целиком был уничтожен состав Омских подпольных комитетов партии большевиков — городского и губернского. Было арестовано более 20 видных коммунистов, включая лидера омских большевиков Г. Ф. Парнякова.