А тем временем существование самого Военно-революционного комитета вызывало сомнение в условиях, когда начало, пусть и не в полном объеме, функционировать правительство — Совет Народных Комиссаров. Еще 15 ноября на заседании СНК его председатель В. И. Ленин внес предложение передать полномочия наркомата внутренних дел (НКВД) Военно-революционному комитету. Туда же предлагалось перенаправить финансовые средства наркомата, включая и суммы на секретные расходы, выделенные для организации борьбы с контрреволюцией. При всем этом в старом составе ВРК следовало (по мысли В. Ленина) оставить только лучших работников — большевиков, но пополнить штат за счет левых эсеров на паритетной основе. А после проведенных организационно-штатных мероприятий предполагалось предоставить право Военно-следственной комиссии самостоятельно производить аресты. Таким образом, можно говорить, что председатель СНК был заинтересован в ликвидации самостоятельности ВРК, исполнению им роли НКВД и непосредственном руководстве таким исключительно важным делом, как борьба с контрреволюционными проявлениями. Основным структурным подразделением НКВД становилась ВСК с единственной функцией -подавление активности противников новой власти. Однако против такого решения выступил председатель ВЦИК Я. Свердлов, который заявил о нецелесообразности ликвидации ВРК в ближайшее время и сосредоточения борьбы с контрреволюционными проявлениями в НКВД.
Но Совнарком действовал напористо. Уже 23 ноября 1917 г. под влиянием сигналов, приходивших непосредственно от председателя СНК В. И. Ленина, на заседании ВРК пришлось поставить в повестку дня и рассматривать предложение о реорганизации его структуры. Вероятно, что мнения членов ВРК разделились и конкретного решения в этот раз принято не было. Но, как первый шаг пришлось создать комиссию по разработке проекта необходимых изменений. Однако в СНК были явно не удовлетворены половинчатостью решения ВРК. Два дня спустя (25 ноября) Совнарком отклонил ходатайство ВРК о выделении ему ассигнований на покрытие произведенных расходов и для последующей работы. Ясно, что это серьезно осложнило деятельность Военно-революционного комитета. Плюс к этому, В. Ленин предложил «разгрузить» ВРК и настаивал на принятии наркомами всех дел ВРК, касающихся их ведомств. А что касалось Военно-следственной комиссии, то она подлежала по новому варианту, озвученному В. Лениным, передаче даже не в НКВД, а в Комиссариат юстиции. Напомню и акцентирую внимание читателей на том, что главой этого наркомата был не член большевистской партии, а левый эсер И. Штейнберг. Это обстоятельство не смущало председателя СНК. Главным для него было ликвидировать Военно-революционный комитет.