ВЧК. Первое положение об Особом отделе было утверждено ВЦИК только в феврале 1919 г. На этот отдел и его органы на фронтах, в армиях и крупных административных центрах страны был перенесен центр тяжести всей чекистской работы. Реально до конца существования ВЧК (1922 г.) Особый отдел был основным в чекистской структуре и наиболее результативным аппаратом. В его рамках стала развиваться зафронтовая и закордонная разведка.
Отдельные попытки ведения разведывательной работы за кордоном предпринимались уже с первых месяцев существования ВЧК. Однако процесс становления советской разведки шел трудно. Иностранное отделение Особого отдела ввиду малочисленности и явно недостаточной квалификации сотрудников не могло широко развернуть свою работу. Часть вопросов взяли на себя особые отделы фронтов, прежде всего Западного, противостоявшего польским войскам. В сентябре 1920 г. Политбюро приняло решение о радикальной реорганизации советской разведки. Для разработки соответствующих мер была создана специальная комиссия. На основе ее предложений Дзержинский отдал распоряжение «о том, что ни один отдел ВЧК не имеет права самостоятельно отправлять агентов или уполномоченных, или осведомителей за границу без моего на то согласия». Он потребовал создать на базе Иностранного отделения Особого отдела самостоятельный орган — Иностранный отдел ВЧК с тем, чтобы «все агенты за границу от ВЧК могли посылаться только этим отделом». 20 декабря 1920 г. Иностранный отдел ВЧК был создан, однако первоначально он подчинялся руководителю Особого отдела ВЧК В. Р. Менжинскому.
Другой принципиально важной для Советской России сферой были железные дороги. Обеспокоенный растущим валом хищений и злоупотреблений в этой области, Совнарком 17 июля 1918 г. упразднил Всероссийскую чрезвычайную комиссию по охране дорог и образовал вместо нее Управление по охране путей сообщения при НКПС. Ситуацию на транспорте это не исправило. Поэтому решением СНК от 7 августа 1918 г. был создан Железнодорожный отдел ВЧК. Борьба с преступлениями на железных дорогах перешла в ведение Железнодорожного отдела ВЧК и губернских ЧК. В ноябре 1918 г. II Всероссийская конференция ЧК, заслушав доклад Фомина об организации борьбы с контрреволюцией, спекуляцией и преступлениями по должности на транспорте, постановила образовать при ВЧК Транспортный отдел (ТО ВЧК), который должен был распространить свою деятельность не только на железные дороги, но и на водные и шоссейные пути, а также на почтово-телеграфные учреждения. Без порядка на транспорте и безопасного его функционирования на всей территории советской Республики страну, без всякого сомнения, ждал экономический коллапс.