Одно из самых важных изменений в полномочиях и структуре ВЧК было связано с созданием органов военной контрразведки. Этот процесс оказался трудным и длительным. Уже в январе 1918 г. Дзержинский поднял вопрос о ликвидации старой контрразведки. Но Совнарком не поддержал его стремления взять под контроль эту сферу.
Между тем, к лету 1918 г. ситуация в России резко обострилась. Поэтому по решению I конференции ЧК были предприняты попытки организации контрразведывательной работы в воинских частях. 16 июля 1918 г. Совнарком образовал Чрезвычайную комиссию по борьбе с контрреволюцией на Чехословацком (Восточном) фронте во главе с М. Я. Лацисом. Основная ее задача состояла в объединении и координации деятельности чрезвычайных комиссий прифронтовой полосы, в связи с чем впоследствии она получила наименование Прифронтовой ЧК. С августа ЧК стали организовываться в армиях этого фронта. 29 июля 1918 г. при Отделе борьбы с контрреволюцией ВЧК был создан военный подотдел.
9 декабря 1918 г. коллегия ВЧК постановила образовать Военный отдел во главе с М. С. Кедровым для руководства борьбой с контрреволюцией в армии. Военный отдел выделил военно-регистрационное бюро, которое взяло на учет командный состав, организовало регистрацию всех приезжающих и меняющих жительство офицеров.
Несмотря на некоторые успехи, в целом борьба с контрреволюционными проявлениями в Красной армии не отличалась эффективностью. Чрезвычайные комиссии не имели соответствующего опыта и грешили прямолинейностью и «спецеедством». Подчиненные Реввоенсовету Республики отделы «военного контроля», как полагали чекисты, были засорены враждебными элементами. И отдельные конкретные факты их конспиративной деятельности в ущерб боеготовности войск действительно имели место. Между чекистами и военными органами периодически возникали не только трения, но и конфликты. Становилась очевидной необходимость сосредоточить функции борьбы со шпионажем и с контрреволюцией в одном органе, который отвечал бы за обеспечение безопасности в армии и на флоте. Нельзя не согласиться с мнением, высказанным тогда заместителем председателя ВЧК Я. Лацисом, о том, что в условиях гражданской войны невозможно отделить шпионскую деятельность от подрывной контрреволюционной работы. И тем и другим занимались порой одни и те же люди и подпольные организации. В итоге, после жарких дискуссий между представителями военного командования и чекистами, единый орган был создан в конце декабря 1918 г. Во главе его был поставлен большевик с большим стажем партийной работы М. С. Кедров. Уже 1 января 1919 г. он направил на места, во все фронтовые и армейские штабы телеграмму, где сообщил об образовании Особого отдела Республики. Подчеркнем, что не в составе ВЧК, а как самостоятельный орган. В этом проявились личные качества Кедрова, его претензии на некий самостоятельный статус в общей системе государственных органов. Однако достаточно быстро Кедрова поправили, а Особый отдел стал действовать