Шаг за шагом Франциск заставлял себя поступать так, чтобы приближаться к чистоте жизни духовной, возвышающейся над всем земным. Поскольку родной отец, встречая его на улицах Ассизи, начинал кричать и браниться, он избрал себе другого земного, названого отца — из числа нищих. Ведь глубоко верующему человеку нельзя жить без отцовского благословения.
Однажды, встретив прокаженного, Франциск сначала шатнулся от него — и опять сурово себя осудил, заставил себя поцеловать больного, прикоснуться к его руке. На окраине Ассизи был лепрозорий «Сан Сальваторе», и Франциск отныне постоянно приходил туда, чтобы перевязывать раны несчастных.
Надо сказать, что Церковь призывала верующих поддерживать прокаженных, оказывать им помощь и даже создала специальный Орден Святого Лазаря, но очень мало кто был способен откликнуться на призыв. Известны лишь отдельные подобные факты. Так, папа Григорий Великий написал историю монаха Мартирия, который встретился с прокаженным, не способным дальше идти, поднял его, донес до его убежища, после чего больной на его глазах принял образ Иисуса Христа, благословил праведника и снова вознесся на небо. Подобные эпизоды есть также в житиях святого Юлиана Милостивого, святого папы Льва IX и некоторых других. Из проповедей Франциск знал, что встречаются люди, способные подняться до такой духовной высоты. И стремился это сделать.
Одно из его важных деяний — он занялся, можно сказать, восстановлением архитектурных памятников. Увидев, в каком ужасном состоянии находится небольшая церковь Святого Дамиана в Ассизи, Франциск начал сам таскать камни, чтобы привести здание в порядок. Конечно, нашлись люди, которые к нему присоединились, и храм был спасен.
Следующей стала часовня Девы Марии Ангельской, которая называется по-итальянски Порционкула — «маленькая порция, небольшой участок». Она сделалась главным местом его обитания. Точнее — возле нее он поставил свой шалаш. Со временем вся Италия знала, что именно там живет святой Франциск. Святым его стали называть при жизни.
Франциск был против мрачного отшельничества. Он считал, что необходимо идти к людям и рассказывать им об истинной вере и доброте. По его словам, жалость и сострадание надо нести с радостью и весельем. И разумеется, нельзя иметь никакой собственности. Он утверждал: «Если бы у нас была собственность, нам было бы нужно оружие для нашей защиты, ибо в ней источник раздоров и тяжб, и она обычно препятствует любви к Богу и к ближнему. Вот почему мы не желаем иметь собственность». Это убеждение принципиально отличало учение Франциска от идеологии официальной церкви и духовно-рыцарских орденов, возникших в результате крестовых походов.