Когда 11 декабря 1474 года Энрике IV умер, Изабелла сразу же провозгласила себя королевой Кастилии. Но антиарагонская партия при кастильском дворе сговорилась с Альфонсо V Португальским, который теперь, после этой смерти, вычеркнувшей французского принца из числа претендентов на руку Хуаны Бельтранехи, видел в ней невесту для себя. В конце мая 1475 года Хуана под давлением своих сторонников потребовала себе трон. Португальские войска перешли границу Кастилии, и по всей стране вспыхнули мятежи против Изабеллы и Фердинанда. Последовавшая за этим борьба за престолонаследие стала настоящей гражданской войной, в которой Хуана получила поддержку нескольких городов Старой Кастилии, большинства городов Андалусии и Новой Кастилии и могла обратиться за помощью к португальским войскам. Поскольку, в конце концов, Изабелла одержала победу, историю этого периода писали ее приверженцы, следовавшие официальной версии, утверждавшей, что на самом деле Хуана не была дочерью импотента Энрике IV. Ее презрительно именовали народным прозвищем Бельтранеха, по имени предполагаемого отца Бельтрана де ла Куэва. Тем не менее не исключена вероятность, что она действительно была дочерью короля, и если так, то Изабелла одержала победу вопреки закону.
Однако война была большим, чем просто соперничество двух претенденток на кастильский престол, законность прав которых ставилась под сомнение. Ее исходу предстояло определить будущую политическую ориентацию Испании. Если бы победила Хуана, судьба Кастилии оказалась бы связанной с Португалией, и ее интересы, соответственно, переместились бы к атлантическому побережью. В случае победы Фердинанда и Изабеллы Испания представляла бы собой Кастилию и Арагон, и Кастилия оказалась бы неразрывно связанной со средиземноморскими интересами арагонца.
В течение открытой фазы войны, когда все еще висело на волоске, участие Фердинанда имело жизненно важное значение. Именно он взял на себя руководство партией Иза беллы и спланировал кампанию по восстановлению порядка и единства в Кастилии. Военные советники Фердинанда, привезенные из Арагона, обучали войска Изабеллы новым приемам ведения войны. Сам Фердинанд оказался искусным переговорщиком, способным договариваться с вельможами и городами о поддержке Изабеллы. Он уже заручился помощью трех самых могущественных семей на севере Кастилии – Энрикес, Мендоса и Альварес де Толедо (герцоги Альба), – с которыми состоял в родстве, а его личная энергия и изобретательность, похоже, обещали порядок и пе ремены к лучшему всем кастильцам, уставшим от гражданской войны. Все это постепенно обеспечило Изабелле преимущество, что она с благодарностью признавала. Кроме того, в ее пользу сыграла некомпетентность Альфонсо Португальского, чей престиж оказался сильно подмочен поражением в битве при Торо в 1476 году. Но дело продвигалось медленно, и только в 1479 году Кастилия, наконец, перешла под контроль Изабеллы. Ее триумф сопровождался заключением соперницы в монастырь. В начале того же года скончался Хуан II Арагонский. Теперь в Кастилии наступил мир, а Фердинанд унаследовал владения своего отца, и супруги стали суверенами одновременно и Кастилии, и Арагона. Испания, представлявшая собой Кастилию и Арагон, а не Кастилию и Португалию, стала свершившимся фактом.