Зарубежные специалисты из британских SAS, американской «Дельты» и израильского Моссада, оценивая действия спецподразделений ФСБ (в том числе «Альфы») во время операции по освобождению заложников в 2002 году на Дубровке, отмечали, что спецназовцы «сделали невозможное», сумев спасти большое количество человек. В 2004 году в интервью The New York Times действия оперативников «Альфы» в Беслане сравнивались с работой пожарных Нью-Йорка в день террористических атак на ВТЦ, а автор публикаций о вооружённых силах России Роджер Макдермотт отмечал, что даже в самые тяжёлые моменты штурма школы спецназовцы делали всё возможное, чтобы спасти детей.
Проведённые «Альфой» операции по освобождению заложников (в том числе из захваченных террористами самолётов и автобусов) могут служить примером использования спецподразделений мира в рамках успешной борьбы с терроризмом: как минимум до 1992 года включительно «Альфа» не имела ни одного провала. В наши дни репутация «Альфы» среди других антитеррористических подразделений стран мира была подтверждена результатами международного соревнования антитеррористических подразделений «Super SWAT International Round-Up 2011» («Super Special weapons and tactics»), прошедшего в американском штате Флорида в 2011 году, по итогам которого оперативники «Альфы» завоевали первое и второе места в двух номинациях, а группа «Альфа» получила звание лучшей международной команды.
В 1990-е годы рядом частных изданий в негативном свете освещалась деятельность «Альфы». Так, после событий в Вильнюсе в ночь с 12 на 13 января 1991 года ряд изданий подвергали обструкции группу «А», обвиняя её в гибели 14 гражданских лиц при штурме телебашни. Прокуратура Литвы официально в отношении личного состава возбудило уголовное дело по ст. 88, ч. 2 УК Литовской ССР («Попытка совершения госпереворота»). Согласно версии литовцев, все 14 человек погибли из-за действий советских воинских частей и подразделений силовиков: оперативники отрицали факт применения огнестрельного оружия в ту ночь. По воспоминаниям сотрудников группы «А», у них были только холостые патроны и взрывпакеты, но об этом знали и протестующие, которые не стеснялись не только стрелять, но и бросать самодельные гранаты в оперативников и драться с применением палок, дубинко и заточек. Участвовавший в операции М. В. Головатов был объявлен Литвой в общеевропейский розыск и арестован в Вене в 2011 году, но позже освобождён австрийскими властями в связи с неясностью предъявленных Литвой обвинений. Решение австрийских властей вызвало возмущение у литовских властей, которые отменили сроки давности за преступления против человечности. В 2019 году всех оперативников группы «А» заочно осудили окружным судом Вильнюса: Головатов, в частности, был приговорён к 12 годам лишения свободы.