1990-е годы. Сотрудники Группы «А» КГБ-ФСБ обеспечивали личную безопасность главы Русской Православной Церкви (РПЦ) во время поездок по стране и за рубежом. Командировки в Прибалтику, на Западную Украину, в Ростовскую область и город Волгодонск.
3-4 октября 1993 года. Москва. Дом Советов. Сотрудники Группы «А» и бойцы «Вымпела» приняли участие в разрешении острейшего политического кризиса, приведшего к массовым акциям неповиновения и боевым действиям в центре российской столицы. Отказавшись штурмовать Белый дом, они вступили в переговоры с защитниками парламента и вывели из горящего здания всех находившихся в нем людей. От пули снайпера погиб сотрудник Группы «А» младший лейтенант Геннадий Сергеев. Посмертно удостоен звания Героя России.
Командир Группы «А» — Герой Советского Союза генерал-майор Геннадий Зайцев, руководитель «Вымпела» — генерал-лейтенант Дмитрий Герасимов.
23-26 декабря 1993 года. Ростов-на-Дону — Краснодар — Минеральные Воды — Махачкала. Освобождение учительницы и 15 учеников 9-го класса «В» средней школы № 25 Ростова-на-Дону, захваченных вооруженной «бандой Казака». Старший — Герой Советского Союза Геннадий Зайцев.
26-27 мая 1994 года. Населенный пункт Кинжал (Ставропольский край) — Бачи-Юрт (Чечня). Освобождение 30 пассажиров экскурсионного автобуса «Икарус» со школьниками, их родителями и учителями, захваченных группой вооруженных чеченцев. Старший — Герой Советского Союза Геннадий Зайцев.
Весна-зима 1994 года. Город Моздок, Северная Осетия-Алания. Выполнение оперативных задач и охрана спецпоезда, в котором находились министр обороны Павел Грачёв и глава МВД Виктор Ерин. Старшие — Анатолий Савельев и Юрий Дёмин.
1995–1996 годы. Чеченская Республика. Сотрудники Группы «А» участвовали в боевых действиях, а также привлекались для ночного усиления в качестве мобильных групп антитеррора и дополнительной охраны Дома правительства и здания УФСБ в чеченской столице.
14-19 июня 1995 года. Группа хорошо вооруженных террористов численностью 195 человек, возглавляемая Шамилем Басаевым, захватила в заложники более 1600 жителей города Будённовска (Святой Крест), которых согнали в местную больницу. Тех, кто отказывался идти, расстреливали.
Террористы выдвинули требования российским властям: остановить военные действия в Чечне и вступить в переговоры с режимом Джохара Дудаева.
В ходе войсковой операции (командир «Альфы» — Александр Гусев) погибли сотрудники Группы «А» майор Владимир Соловов, лейтенанты Дмитрий Бурдяев и Дмитрий Рябинкин. Посмертно награждены орденами Мужества.