Август 1995 года. Москва — Северная Осетия-Алания. Задержание группы лиц, занимавшихся перепродажей огнестрельного оружия, поступавшего с Кавказа в столичный регион.
20 сентября 1995 года. Город Махачкала, Республика Дагестан. Освобождение пассажиров автобуса (маршрут Махачкала — Нальчик), захваченных двумя вооруженными террористами. Старший — Александр Гусев.
14 октября 1995 года. Москва. Васильевский спуск. Нейтрализация вооруженного террориста Виктора Сургая, захватившего в непосредственной близости от Кремля автобус с южно-корейскими туристами. Руководитель — генерал-майор Александр Гусев.
9-18 января 1996 года. Город Кизляр — село Первомайское. Республика Дагестан. Участие в освобождении большого числа заложников, захваченных в больнице Кизляра, по пути следования и на месте бандой террористов во главе с главарем «Армии генерала Дудаева» Салманом Радуевым и полевым командиром Хункар-Пашой Исрапиловым.
В ожесточенных боях за Первомайское принимали участие бойцы и сотрудники разных силовых ведомств: внутренние войска («Витязь») и специальные отряды быстрого реагирования (СОБР) МВД, ФСБ, СПБ, спецназ ГРУ и армейские подразделения Министерства обороны. В ходе войсковой операции погибли сотрудники Группы «А» майоры Андрей Киселёв и Михаил Воронцов. Посмертно награждены орденами Мужества.
11-28 августа 1996 года. Город Грозный, Чеченская Республика. Оборона здания УФСБ во время массированного нападения отрядов сепаратистов на чеченскую столицу. Сводный отряд состоял из 21 сотрудника Группы «А» и 14 бойцов Краснодарской «Альфы», а также работников УФСБ. Руководитель — Александр Михайлов.
10 декабря 1997 года. Москва. Аэропорт «Шереметьево-1». Нейтрализация Геннадия Тодикова, угрожавшего взорвать самолет Ил-62М, следовавший по маршруту Магадан — Норильск — Москва.
19-20 декабря 1997 года. Москва. Посольство Швеции. Освобождение торгового представителя Швеции Яна-Улофа Нюстрема, взятого в заложники вооруженным террористом Сергеем Кобяковым. В ходе операции погиб начальник штаба «Альфы» — полковник Анатолий Савельев, обменявший себя на заложника. Посмертно удостоен звания Героя России.
1999–2009 годы. Северный Кавказ. Сотрудники Управления «А» выполняли оперативно-боевые задачи на территории Дагестана и Чеченской Республики. Участие во второй военной кампании на Северном Кавказе.
Как уже было отмечено, после распада СССР и реорганизации КГБ Группу «А» передали в подчинение Главному управлению охраны России (ныне — ФСО). Сотрудники подразделения получили дополнительные задачи по обеспечению личной безопасности высших лиц государства.