8 сентября 2003 года. Захват в селении Ялхой-Мохк Курчалоевского района Чечни «амира», главаря крупной банды. В ходе операции погиб сотрудник «Альфы» майор Владимир Ульянов. Посмертно удостоен звания Героя России.
8 апреля 2004 года. Ликвидация выученика Хаттаба и одного из ближайших подручных террориста № 1 Шамиля Басаева — Абу Бакара Висимбаева, отвечавшего за вербовку «черных вдов» для совершения акции на Дубровке. Станица Шелковская, Чеченская Республика. В ходе операции погиб сотрудник «Альфы» майор Юрий Данилин. Посмертно удостоен звания Героя России.
1-3 сентября 2004 года. Освобождение совместно с бойцами «Вымпела» большого числа заложников, удерживаемых бандой террористов в здании школы № 1. Город Беслан, Республика Северная Осетия-Алания.
В течение двух с половиной дней боевики удерживали в заминированном здании 1128 заложников (преимущественно детей, их родителей и сотрудников школы) в тяжелейших условиях, подвергая людей морально-психологическому и физическому террору.
В ходе предпринятой (после подрыва в спортзале СВУ) спасательной операции, не имеющей аналогов в мировой практике спецслужб, погибли десять сотрудников Центра специального назначения ФСБ России. В их числе трое из Управления «А»: майор Александр Перов (Герой России — посмертно), майор Вячеслав Маляров и прапорщик Олег Лоськов — награждены орденами «За заслуги перед Отечеством» IV степени с изображением мечей.
8 марта 2005 года. В составе оперативно-боевой группы ЦСН ФСБ России ликвидация главаря Ичкерии Аслана Масхадова. На острие атаки находились сотрудники Управления «А». Село Толстой-Юрт, Чеченская Республика.
26 ноября 2006 года. Хасавюртовский район, Республика Дагестан. Ликвидация представителя «Аль-Кайды» и главаря всех иностранных боевиков, одного из руководителей и финансистов «джихада» в Чечне и в сопредельных регионах араба Абу Хавса.
13 мая 2009 года. Уничтожение «амира» Хасавюртовской террористической группы Арсена Асульбегова в районе горного селения Эндирей, Дагестан. В ходе боя погиб сотрудник «Альфы» капитан Руслан Холбан. Награжден орденом «За заслуги перед Отечеством» IV степени.
Май 2009 года и по настоящее время. Уничтожение террористического подполья, проведение специальных операций на территории Северного Кавказа в составе оперативно-боевых групп Центра специального назначения ФСБ России.
2 марта 2010 года. Ликвидация сотрудниками ЦСН ФСБ России идеолога террористического «Имарата Кавказа» Саида Бурятского (Александра Тихомирова). Поселок Экажево, Ингушетия. Старший — Юрий Торшин.