В 1995 году «Альфа» вошла в состав Федеральной службы безопасности, а с 1998 года и по сей день Управление «А» является частью Центра специального назначения ФСБ России.
До начала второй чеченской войны оставался неполный год, когда 8 октября 1998 года по инициативе Директора ФСБ Владимира Путина было принято решение о создании мобильного «кулака» — в целях усиления силового блока ФСБ. Последующие события в стране и мире полностью подтвердили правильность и, что главное, своевременность принятого решения.
Знаковые операции Группы «Альфа» ФСБ России. 2000-е годы:
Январь 2000 года. Обеспечение личной безопасности Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II, находившегося на Святой Земле по случаю 2000-летия Рождества Христова. Город Иерусалим, Израиль.
13 марта 2000 года. Захват террориста и полевого командира Салмана Радуева, осуществленный сотрудниками Группы «А» в составе сводной оперативно-боевой группы Центра специального назначения ФСБ России. Пос. Новогрозненский. Чечня.
21 сентября 2000 года. Освобождение строителей гостиницы, захваченных С. Хугаевым и И. Савченко. Поселок Лазаревское Краснодарского края.
19-22 июня 2001 года. Сотрудники «Альфы» участвовали в полномасштабной специальной операции по уничтожению банды одного из наиболее кровавых полевых командиров — Арби Бараева, отличавшегося маниакальной жестокостью и специализировавшегося на похищении людей и работорговле. Станица Ермоловская (Алхан-Кала), Чеченская Республика.
Вторая чеченская кампания:
11 июля 2001 года. Населенный пункт Майртуп Курчалоевского района, Чеченская Республика. Уничтожение одного из ближайших подручных главаря иностранных наемников Хаттаба — полевого командира, уроженца Саудовской Аравии Абу Умара, руководившего в 1990-х годах учебным лагерем по подготовке диверсантов-взрывников на окраине селения Сержень-Юрт.
31 июля 2001 года. Минеральные Воды. Нейтрализация террориста С. Эдиева, захватившего пассажиров автобуса «Икарус», следовавшего рейсом Невинномысск — Ставрополь. Старший — Александр Мирошниченко.
23-26 октября 2002 года. Освобождение вместе с сотрудниками «Вымпела» большого числа заложников, находившихся в здании Театрального центра на Дубровке в руках банды террористов Мовсара Бараева. Москва. Основная группа Абубакара захватила концертный зал и взяла в заложники 916 человек. Целью террористической акции было устрашение населения и оказание воздействия на органы власти Российской Федерации по принятию решения о выводе войск с территории Чеченской Республики. В результате операции были уничтожены все находившиеся в здании на тот момент террористы и освобождена большая часть заложников.