Столкнувшись с неожиданным отказом части своих последователей в Индии платить свои религиозные взносы, Ага-хан отправил из Персии в Бомбей специального посланца, чтобы тот вернул их в ряды его паствы. Вместе с этим посланцем поехала бабушка Ага-хана, которая «сама выступила с речью перед членами бомбейской секты ходжей», попытавшись вернуть их лояльность. Большинство членов секты оставались верны своему вождю, но небольшая группа упорствовала в своей оппозиции, утверждая, что они не обязаны подчиняться Ага-хану, и отрицая, что секта ходжей как-то связана с ним. Последовавшие за этим конфликты вызвали сильные волнения у членов общины и в 1850 году завершились убийствами.
Тем временем сам Ага-хан покинул Персию, где он возглавлял не завершившееся успехом восстание против шаха, и после краткого пребывания в Афганистане нашел себе убежище в Индии. Услуги, оказанные им англичанам в Афганистане и Синде, позволили ему претендовать на их благодарность. Пожив сначала в Синде, а затем в Калькутте, он, наконец, поселился в Бомбее, где возглавил общину ходжей. В ней все еще были диссиденты, которые были против него и предпринимали попытки, используя закон, расстроить его притязания на власть. После некоторых предварительных действий в апреле 1866 года группа раскольников подала в Высокий суд Бомбея иск с просьбой запретить Ага-хану «вмешиваться в управление доверительной собственностью и дела общины ходжей».
Слушание дела длилось двадцать пять дней; в нем участвовали почти все бомбейские юристы. Обе стороны приводили тщательно изложенные и задокументированные аргументы, и судебное расследование глубоко окунулось в историю и генеалогию, богословие и законы. Наряду с многочисленными свидетелями сам Ага-хан тоже дал показания в суде и представил доказательства своего происхождения. 12 ноября 1866 года сэр Джозеф Арнольд вынес судебное решение. Он установил, что община ходжей в Бомбее была частью более крупной общины в Индии, члены которой являлись приверженцами исмаилитской ветви шиизма; это была «группа людей, предки которых были индусами по происхождению и которые приняли ислам и с тех пор исповедовали веру шиитов-исмаилитов, а она всегда была и по сей день связана узами духовной верности потомственным имамам исмаилитов». Они были обращены в ислам около четырехсот лет назад миссионером-исмаилитом из Персии и подчинялись духовной власти династии имамов-исмаилитов, последним из которых был Ага-хан. Эти имамы являлись потомками правителей Аламута и через них претендовали на происхождение от египетских халифов-Фатимидов, а в конечном счете – от пророка Мухаммеда. В Средние века их последователи стали известны под названием «ассасины».