Другая группа шиитов последовала за Исмаилом и его потомками и известна как исмаилиты. Долго действуя тайно, они сформировали секту, которая по сплоченности и организации как в интеллектуальном, так и эмоциональном аспектах сильно превзошла всех своих соперников. Вместо беспорядочных теорий и примитивных предрассудков более ранних сект несколько выдающихся богословов разработали систему религиозного учения на высоком философском уровне, и из-под их пера вышла литература, которая после веков «затмения» только сейчас снова начинает обретать признание, которого она достойна. Правоверным исмаилиты предложили уважать Коран, традиции и законы не меньше, чем суннитам. Интеллектуально развитым мусульманам они дали философское объяснение вселенной, опираясь на источники античной и особенно неоплатонической мысли. Людям, стремящимся к духовному развитию, они предложили добрую, близкую им эмоциональную веру, подкрепленную примерами страданий имамов и самопожертвования их последователей, которая давала им опыт мук и обретения Истины. Наконец, недовольных они привлекали хорошо организованным, широко распространенным и сильным оппозиционным движением, которое создавало видимость реальной возможности свержения существующего порядка и создания вместо него нового и справедливого общества, возглавляемого имамом – наследником Пророка, избранным Богом и единственным законным правителем человечества.
Имам занимает центральное место в системе исмаилитов, объединяющей вероучение, организацию, верность и действия. После сотворения мира благодаря воздействию вселенского разума на вселенскую душу история человечества распадается на ряд циклов, каждый из которых начинался с «говорящего» имама или пророка, за которым шла череда «молчаливых» имамов. Были циклы скрытых и явных имамов, соответствующие периодам скрытности и успешности веры. В текущем цикле имамы – потомки Али и Фатимы – через Исмаила были вдохновляемы богом и непогрешимы, в каком-то смысле они сами были богами, так как имам был микромиром, олицетворением метафизической души вселенной. Как таковой он был первоисточником знаний и авторитетом в области эзотерических истин, скрытых от людей несведущих, а также источником директив, которые требовали тотального и безоговорочного повиновения.
Новообращенный испытывал волнение и яркие переживания от обладания тайными знаниями и участия в тайных действиях. Знания он получал посредством Taiwil al-Batin – эзотерического толкования особого учения секты, от которого произошло слово Batini (батиниты), которым ее иногда называют. Помимо своего буквального и очевидного значения, предписания Корана и преданий имели второй смысл, аллегорическое и эзотерическое толкование, которое раскрывал новообращенным имам. Некоторые ветви этой секты идут еще дальше и принимают антиномианистское учение, которое периодически встречается в экстремистской мусульманской ереси и мистицизме. Конечный религиозный долг – знание (гнозис) истинного имама; точный смысл закона упраздняется для правоверных и сохраняется, если вообще сохраняется, в качестве наказания для непосвященных. Общей темой для исмаилитских религиозных писаний является поиск Истины – сначала тщетный, но завершающийся мигом ослепляющего озарения. Организация и деятельность секты, сохранение и распространение ее учения находились в руках иерархии da‘is (даи – миссионеры, проповедники), подчинявшихся главному da‘i, который был ближайшим помощником имама.