Летом 1100 года Беркьярук нанес поражение Мухаммеду Тапару, и тому пришлось отступить в Хорасан. После этой победы исмаилиты стали более смелыми и напористыми и даже проникли в придворную среду и армию Беркьярука. Они перетянули на свою сторону многих солдат, а тем, кто им сопротивлялся, угрожали убийством. «Ни один полководец и ни один офицер, – пишет арабский хронист, – не осмеливался выходить из дома без доспехов; они надевали их под одежду, и даже визирь Абул-Хасан носил под платьем кольчугу. Высшие офицеры султана Беркьярука просили у него разрешения являться к нему вооруженными из страха нападения, и он дал им такое разрешение».
Растущие угроза и наглость исмаилитов, а также гнев его сторонников, вызванный его самоуспокоенностью или еще чем похуже, наконец заставили Беркья-рука принять меры. В 1101 году он, по-видимому, заключил соглашение с Санджаром, который все еще правил в Хорасане, о совместных действиях против врага, который угрожал им обоим. Санджар послал большое, хорошо вооруженное войско под командованием своего главного эмира в исмаилитские регионы Кухистана, где это войско разорило сельскую местность, а затем осадило Табас – главную цитадель исмаилитов. Используя баллисты, солдаты почти полностью разрушили стены и чуть не захватили крепость, но исмаилиты подкупили эмира, и тот снял осаду и увел войско. Они получили возможность отстроить, заново укрепить Табас, чтобы отразить следующее нападение, которое произошло тремя годами позднее, когда эмир повел новую армию в Кухистан, к регулярным частям которой присоединились добровольцы. На этот раз война была успешной, но, что удивительно, незавершенной. Сельджуки завоевали и разрушили Табас и другие замки исмаилитов, разграбили их поселения и обратили в рабство некоторых их жителей, а затем ушли, взяв с них клятву, что «они не будут строить замок, покупать оружие и звать людей присоединяться к их вере». Многие считали, что эти условия слишком мягкие, и осуждали за них Санджара. Разумеется, вскоре исмаилиты снова упрочились в Кухистане.
В Западной Персии и Ираке Беркьярук даже не делал попыток нападать на центры власти исмаилитов. Вместо этого он пытался унять гнев своих чиновников и населения, разрешая или поощряя массовые убийства сочувствующих исмаилитам в Исфахане. Солдаты и горожане сообща охотились на подозреваемых, которых они окружали, собирали на большой площади и убивали. Простого обвинения было достаточно, и много невинных людей, по словам Ибн аль-Асира, погибли тогда из личной мести. Из Исфахана антиисмаилитские акции переместились в Ирак, где исмаилитов перебили в их лагере в Багдаде, а их книги были сожжены. Ранее один выдающийся исмаилит Абу Ибрахим Асадабади был послан в Багдад самим султаном с официальной миссией. Теперь султан отправил приказ о его аресте. Когда тюремщики пришли убивать его, Асадабади сказал: «Хорошо, вы убьете меня, но сможете ли вы убить тех, кто находится в замках?»