Став Папой Римским, Иннокентий III столкнулся со множеством проблем, оставшихся от его предшественников. В XII в. римская Церковь, несмотря на благодатные последствия реформ Папы Григория VII, вновь подверглась тяжким испытаниям. Папа и германский император по-прежнему продолжали оспаривать друг у друга право на высшую власть. Положение омрачало еще и то, что Папы поставили перед собой цель минимизировать реальную власть императоров в Италии, заменив ее своею. Очередной разрыв наступил в правление императора Фридриха II Барбароссы (1152—1190 гг.), когда германский государь и его сторонники из числа римской курии выбрали своего Папу Римского, а их противники — своего (1159 г.). Схизма, которая завершилась лишь в 1177 г., полностью поглощала внимание соперничавших сил и компрометировала высшую церковную власть в глазах верующих. Раскол Римской церкви на два лагеря глубоко смущал сознание человека XII в. Пагубное влияние оказали и нравы католического духовенства, жившего в роскоши и являвшего дурной пример народу. Находясь в состоянии войны, папство просто не смогло вовремя обратить внимание на грозную силу, которая поднималась на юге Франции — катарскую ересь.
К XII в. в историю ереси было вписано уже немало страниц. До XI в. они сводились, в основном, к догматическим спорам о Божественной сущности, Троице, пресуществлении и предопределении. Но начиная со второй трети XI в. в Западной Европе возникают несколько иные виды ереси, которые основываются на требовании возвратится к евангельской чистоте и бедности, которые одни могут спасти человеческую душу. Фактически то был призыв к реформе Церкви и нравом духовенства, погрязшего в пороках и симонии (продажа церковных должностей). С адептами новых воззрений или расправились, или уговорами возвратили в лоно истинной Церкви. В то время папство, которое возглавил суровый Григорий VII смогло сдержать удар, само проведя реформы (т. н. григорианские реформы). Своеобразный выход из создавшейся ситуации предоставили и основатели новых монашеских уставов (цистерцианцы, премонстранты), которые стремились удалиться от мира и жить по правилам, продиктованным Евангелием. После некоторых колебаний папство признало и санкционировало деятельность монахов-отшельников. Но эти реформы сверху лишь ненамного отсрочили удар. Новые монашеские ордены, несмотря на выдающихся руководителей (например цистерцианца Бернара Клервоского), постепенно отходили от того строгого образа существования, которому всецело отдавались вначале, и занимали свое место в традиционной церковной иерархии. И в XII в. старые призывы к евангельской чистоте вспыхнули с новой силой. Теперь они исходили и от мирян, таких, как, например, Пьер Вальдо, зажиточный лионский купец, и встречали поддержку в самых широких массах населения: от простых крестьян до рыцарей и даже в сословии клириков. Мятеж вальденсов, а затем и катаров, чье учение имеет манихейские корни, был направлен, по существу, не столько против христианской веры, сколько против Церкви как организации: недаром Пьер Вальдо бросил фразу, которую можно считать своеобразным лозунгом его приверженцев: «Господу следует подчиняться больше, нежели людям».