Генерал Луазон, тем временем оставив в Альмейде небольшой гарнизон, а также раненых и больных (всего около 1250 человек), 3 июля двинулся на юг, буквально штыками прокладывая себе дорогу через провинцию Алта-Бейра, также охваченную восстанием.
По пути он подавил сопротивление португальцев в высокогорном городе-крепости Гуарде. Французы хладнокровно атаковали численно превосходившего их противника, захватили всю его артиллерию, убив почти тысячу португальцев.
5 июля в деревушке Аталайя два батальона легкой пехоты Луазона разгромили португальцев, руководимых местным кюре, также нанеся им огромные потери. По приказу Луазона было казнено большое количество пленных.
Примерно в это же время находившийся в Лиссабоне Жюно получил известие о том, что с севера на столицу движется 20-тысячный отряд вооруженных чем попало португальских крестьян. Жюно двинул против них все, что у него оставалось, — отряд генерала Маргарона. Бой произошел в районе Лейрии. Генерал Маргарон решительно атаковал и уничтожил почти 900 португальцев, захватив все их знамена. После этого отряд, преследуя бегущих португальцев, пошел на восток к Томару на соединение с отрядом генерала Луазона.
9 июля отряд Луазона уже был в Абрантише, а 11-го — в Сантареме. По данным генерала Тьебо, отступая из Альмейды, Луазон потерял 60 человек убитыми и 130–140 человек ранеными, потери же португальцев составили 4 тысячи человек.
Уже в Сантареме к отряду Луазона присоединились войска генералов Келлерманна, Томьера и Бренье.
После этого генерал Луазон, поддержанный генералом Келлерманном, славно отомстил португальцам в районе Алкобаса, буквально разнеся в пух и прах 15-тысячную толпу восставших.
Боевой задор португальцев в центральных районах страны начал постепенно угасать. Несмотря на численное превосходство, они ничего не могли противопоставить организованности и профессионализму французов.
После взятия Алкобасы генерал Луазон переместился к реке Тежу в город Сантарем, а оттуда был направлен в юго-восточную провинцию Португалии Алентежу для проведения карательной операции, аналогичной той, что он только что провел на севере. В этой миссии его сопровождали генералы Солиньяк и Маргарон.
25 июля отряд Луазона пересек реку Тежу, а 28-го уже был в Монтеморе. Там авангард Луазона встретился с авангардом португальцев и разгромил его, уничтожив около 50 человек и взяв в плен около 100 человек крестьян-ополченцев, которых из-за их жалкого вида приказано было отпустить по домам.
Основные силы противника были собраны в столице Алентежу крепости Эвора в 110 километрах от Лиссабона. 29 июля войска Луазона подошли к Эворе и были встречены огнем многочисленных стрелков и пяти орудий. Луазон приказал войскам остановиться и начал разведку боем. Справа от Эворы противник занимал высоты, переходившие в горы, левый же фланг его опирался на стены старинного городского замка.