В 1919 году, как уже упоминалось, А. Е. Фаворский принял активное участие в организации Государственного научно-исследовательского института прикладной химии. Это был один из первых опытов масштабного сотрудничества старых ученых с советской властью, показавший в 1920-е годы блестящие результаты. 1920–1922 годы были переломными и в выборе дальнейшего пути для университетских ученых. Около четверти работавших в 1917 году преподавателей Петроградского университета сделали выбор в пользу эмиграции из страны (в своем абсолютным большинстве — специалисты в области гуманитарных и социальных наук)[78]. Для А. Е. Фаворского такой вариант был категорически неприемлем. Как вспоминает Татьяна Алексеевна, знакомый купец «звал отца уехать в ним вместе в Новую Зеландию. Отец с негодованием отверг это предложение и сказал, что он никуда и никогда со своей Родины не поедет».
В 1919 году началась трансформация структуры Петроградского университета, связанная с объединением вузов и факультетов, а также со всей структурой управления университетом. К 1922 году этот процесс привел к фактической ликвидации университетской автономии, университетская корпорация была поставлена под полный контроль нового режима. Эпоха «мандаринов» закончилась, время претензий профессорского сословия не только на собственную общественную политическую позицию, но и на управление университетом ушло, и вместе с тем поменялось и восприятие окружающего мира. Характерно воспоминание о похоронах В. И. Ленина, о котором в 1917 году в среде Фаворских говорили как об агенте, засланном немцами: «Настал январь 1924 года. День смерти Ленина, короткий зимний день, трескучий мороз. По всей стране в одну и ту же минуту замерла жизнь, остановилось движение… А потом жизнь пошла снова вперед, возобновилась работа, не останавливаясь ни днем, ни ночью. Работали и мы, в лаборатории и дома, и время бежало все быстрее и быстрее». Фаворские видели свою задачу исключительно в профессиональной работе, дистанцируясь от обсуждения «внешних факторов», одним из которых стала организация приема по принципу социального происхождения и соответствующие чистки состава студенчества. Так, Татьяна Алексеевна вспоминает заседание совета университета в 1923/24 году, на котором она присутствовала: «…представители реакционной профессуры говорили, что самое большое зло — это то, что „им подменили аудиторию, кого они будут учить, кого готовить?“ Мы об этом не думали и старались вложить начатки химических знаний во все различные головы, которые приходили к нам, желая их получить». В 1924 году А. Е. Фаворский входит в университетскую делегацию, отправившуюся просить денег на проведение научных исследований к Л. Д. Троцкому, который в итоге «очень помог».