Вся жизнь героя воспоминаний А. Е. Фаворского неразрывно связана с университетом[8] в славном городе на Неве. В 1878 году он поступил на физико-математический факультет Санкт-Петербургского университета. В воспоминаниях Татьяны Алексеевны отмечается, что ее отец попал в лабораторию А. М. Бутлерова в 1881 году и сразу активно включился в работу Этот факт вполне подтверждается тем, что в первый раз о работах студента Алексея Фаворского упомянуто в отчете университета за 1881 год, где указано, что он работал под руководством профессора А. М. Бутлерова и лаборанта М. Д. Львова «над уплотнением валериена»[9]. Само упоминание фамилии студента в отчете о научной деятельности университета уже являлось определенным поощрением его работы, выделением его из общего ряда. Вообще, встреча с А. М. Бутлеровым — важнейшее событие в жизни А. Е. Фаворского. Свою принадлежность к школе А. М. Бутлерова он всегда подчеркивал, а память учителя глубоко чтил[10].
Университет конца 1870 — начала 1880-х годов — место формирования многочисленных революционных кружков, постоянного студенческого брожения и фронды. Ни в воспоминаниях Татьяны Алексеевны, ни в других известных источниках нет свидетельств участия А. Е. Фаворского в революционной деятельности. Происходящий из духовного сословия религиозный молодой человек вряд ли был склонен к чрезмерному радикализму. В то же время общее, характерное для молодежи 1870–1880-х годов оппозиционное отношение к тогдашнему политическому режиму он, вероятно, разделял и даже принимал участие в незаконных студенческих сходках. Во всяком случае, как свидетельствует журнал совета университета от 30 марта 1881 года, студент Алексей Фаворский получил выговор от университетского суда за участие в несанкционированной сходке и подписание петиции по поводу дела студента Ивана Шеталова. Последний был «репрессирован» университетским судом за попытку организации самосуда над студентом, которого «товарищество» подозревало в доносительстве[11]. Свои оппозиционные по отношению к самодержавию взгляды А. Е. Фаворский пронес до революции 1917 года.
31 мая 1882 года Алексей Фаворский решением совета был удостоен степени кандидата по разряду естественных наук при условии представления диссертации и одобрения ее физико-математическим факультетом[12]. Кандидатской диссертацией в рамках университетской системы того времени являлось дипломное сочинение студента. Отметим, что представляла такие сочинения (и становилась кандидатами) лишь меньшая часть выпускников университета, большинство кончало университет со званием действительного студента. Наличие кандидатской степени было необходимым условием оставления в университете и подготовки магистерской диссертации.