В ночь с 5 на 6 августа Барклай отдал войскам приказ об оставлении Смоленска, под стенами которого русская армия потеряла до 6 тыс. человек. Потери Наполеона были еще больше, и он решил предпринять обходной маневр для окружения русских. Приказ Барклая должен был предотвратить окружение. 6 августа Наполеон вошел в Смоленск и вновь, как прежде в Вильно, перед ним встала дилемма: прекратить кампанию и добиваться заключения перемирия или продолжать поход. Однако все поведение русской армии, отчаянное сопротивление русских солдат, с которым они боролись за каждую пядь своей земли, нараставшее партизанское движение в тылу французских войск — все это говорило о том, что надежды на мир быть не может. Невозможно было и оставаться в Смоленске, почти уничтоженном огнем, не зная при этом о местонахождении неразбитой и непокоренной русской армии. Наполеон продолжил наступление.
Между тем в русском командовании произошли важные перемены: 8 августа Александр I назначил главнокомандующим фельдмаршала князя М. И. Голенищева-Кутузова.
Прибыв к армии, Кутузов осмотрел выбранную Барклаем позицию у Царева-Займища и, хотя одобрил ее, 19 августа отдал приказ о продолжении отступления, которое было остановлено через три дня близ села Бородино. Здесь и состоялось сражение, сыгравшее столь важную роль в исходе войны.
Русские позиции на Бородинском поле были распределены таким образом, что правый фланг и центр были заняты частями 1-й армии Барклая-де-Толли, а левый фланг у деревни Семеновской с построенными там укреплениями — Семеновскими флешами — прикрывался 2-й армией Багратиона. Между позициями 1-й и 2-й армий находилась высота, на которой была расположена так называемая курганная батарея, которой командовал генерал Н. Н. Раевский. Впереди левого фланга русской армии, у деревни Шевардино, также было выстроено укрепление — Шевардинский редут, игравший роль передового укрепления. Именно на него пришелся первый удар французов, вышедших к Бородинскому полю 24 августа. В течение дня Шевардинский редут был захвачен противником, отбит и снова захвачен. Этот бой задержал продвижение французских войск и дал возможность русским завершить строительство укреплений. Следующий день ушел в основном на подготовку обеих армий к сражению. У Наполеона была возможность осуществить обходной маневр и попытаться окружить русскую армию, но он верно рассчитал, что в этом случае Кутузов вновь отступит и генеральное сражение может не состояться.
Некоторые историки полагают, что расположение русских войск заставило Наполеона направить свой основной удар на левый, наиболее укрепленный фланг. Другие, напротив, считают, что подобное расположение было ошибкой Кутузова, до последнего момента не знавшего, куда будет направлен удар, и в результате значительно ослабившего левый фланг. Резервы, которые посылались туда уже в ходе битвы, опаздывали из-за слишком большой протяженности линии фронта, что в конечном счете привело к гибели 2-й армии, мужество и героизм которой спасли, однако, от катастрофы армию в целом. В оправдание Кутузова следует заметить, что сражение рано утром 26 августа (7 сентября по новому стилю) действительно началось с атаки на правый фланг русской армии, где уже вскоре французы заняли село Бородино. Однако сразу после этого центр сражения был перенесен на левый фланг.