Очень скоро Скрябин наряду с Рахманиновым обратил на себя внимание педагогов и товарищей. Оба они заняли положение консерваторских «звезд», подававших наибольшие надежды. На одном из экзаменов членом комиссии был знаменитый виолончелист К. Давыдов. В экзаменационной ведомости напротив фамилии Скрябина он написал: «Гениальные задатки».
В классе Танеева Александр занимался два года. Танеев ценил талант своего ученика и относился с большой теплотой к нему лично. Скрябин отвечал учителю глубоким уважением и любовью.
Его произведения этого периода написаны почти исключительно для его любимого инструмента. Сочинял он в эти годы много.
Года за полтора до окончания консерватории Скрябин переиграл правую руку, разучивая «Исламей» Балакирева и фантазию Листа на темы Моцарта. Это было одним из толчков для возникновения интереса к философским вопросам. «Первая серьезная неудача в жизни. Первое серьезное размышление: начало анализа… Первое размышление о ценности жизни, о религии, о Боге», — писал он.
Заболевание было тяжелым, и врачи говорили ему, что дело непоправимо. Но Скрябин решил не сдаваться и постепенно смог вернуться к инструменту. Это еще раз подтверждает его настойчивость, упорство. Спустя много лет он будет вспоминать: «Уже лет в 20 у меня было твердое убеждение, что я сделаю нечто большое. Смешно! Ведь я был тогда дерзкий мальчик, который ни на что не мог бы сослаться, кроме веры в себя».
В 1889 году Скрябин окончил кадетский корпус, а в 1892 году — консерваторию с малой золотой медалью по классу фортепиано. По композиции он не окончил консерваторию, так как, перейдя на старших курсах к А. Аренскому, «не сошелся с ним характером». Независимость, склонность ученика к творческой самостоятельности раздражали Аренского. Скрябин мог не выполнить все задание или вообще написать вместо него что-либо другое. «Задаешь ему одно, а он приносит совсем не то… Сумасброд какой-то!» — возмущался Аренский. Как-то он задал Скрябину скерцо для оркестра, а тот написал вступление к задуманной им опере. В общем, Скрябин ушел от Аренского и закончил консерваторию только по фортепиано. Имя Скрябина было занесено на мраморную доску при входе в Малый зал Московской консерватории наряду с именами самых выдающихся ее выпускников.
В период учебы Скрябиным было написано много произведений. Почти все — для любимого инструмента. Он сам составил список этих сочинений, состоящий из более чем 50 различных пьес. К сожалению, большинство из них не сохранилось или не было завершено. Но некоторые были напечатаны известным московским издателем П. Юргенсоном. Это было в 1893 году. Как начинающий композитор, Скрябин не только не получил за них гонорара, но должен был «за комиссию» еще и доплатить Юргенсону.