В 1883 году он начал регулярно заниматься игрой на фортепиано. Его первым учителем стал студент консерватории, в будущем известный музыковед и композитор, Г. Конюс. Впоследствии он вспоминал: «Вид у мальчика был тщедушный, он был бледен, роста малого, казался моложе своих лет… Слабыми, еле выдавливающими звук пальчиками сыграл мне, что именно не помню, но чисто и достаточно бегло». Как-то само собой появилось решение поступить в консерваторию.
Тогда же параллельно с занятиями в корпусе начались и его регулярные музыкальные занятия в классе известного преподавателя Московской консерватории Н. С. Зверева, у которого в ту пору уже учился Сережа Рахманинов. Два этих мальчика составят славу русской музыки, хотя поклонники их творчества будут разводить композиторов по разные стороны баррикады, окрестив Рахманинова архаиком и традиционалистом, а Скрябина — новатором, открывателем новых путей. Да и сами композиторы перестанут общаться. Это ведь только в школьных учебниках гении прошлого живут как одна большая дружная семья…
Зверев сразу увидел талантливость Скрябина. В отличие от других воспитанников, новый ученик не жил в пансионе, а приезжал на занятия из корпуса раза три в неделю. Занимался с ним Зверев с большим увлечением и часто приглашал других «зверят» послушать игру «маленького кадетика». Скрябин выступал и на знаменитых воскресных концертах Зверева, который собирал у себя каждую неделю крупнейших музыкантов Москвы. За молодым музыкантом сразу же закрепилась слава прекрасного пианиста.
Параллельно с занятиями у Зверева Скрябин начал брать уроки по теории музыки у Сергея Ивановича Танеева. Сергей Иванович, которого Глазунов не зря называл «мировым учителем», буквально взял юношу под свою опеку и очень внимательно руководил его музыкальным образованием. Можно с уверенностью сказать, что в лице Танеева судьба преподнесла молодому музыканту уникальный дар. В январе 1888 года, в возрасте 16 лет, Скрябин поступил в консерваторию. Он был принят без экзаменов в класс контрапункта С. Танеева. По существовавшей в то время в Московской консерватории традиции, все, кого Танеев, обладавший огромным авторитетом, брал в свой класс, принимались без экзаменов. По фортепиано его педагогом стал Василий Ильич Сафонов, крупный музыкальный деятель, пианист и дирижер. Сафонов очень ценил своего ученика и гордился им. Педализацию Скрябина он приводил в пример другим студентам: «Что вы смотрите на его руки? Смотрите на его ноги». Выражение «Сашкина педаль» было у него высшей похвалой. Он говорил о том, что рояль у Скрябина «дышал». Тот же Сафонов одним из первых почувствовал поэтическое обаяние творчества молодого Скрябина. Впоследствии он рассказывал: «Просыпаюсь при прелестных звуках чего-то. Не хотелось даже двинуться, чтобы не нарушить волшебного очарования. Спрашиваю потом: «Что это?» Оказался его Des-dur’ный прелюд. Это одно из самых лучших воспоминаний моей жизни».