Так же, как Шуман и Вагнер, Мендельсон мечтал о создании немецкой национальной оперы — возвышенной, драматичной и народной. На протяжении всей жизни он искал либретто, которое дало бы ему возможность сочинить оперу, по своему идейному уровню и драматизму подобную пьесам Шиллера и Гете. В конце жизни он обратился к сюжету «Лорелеи» по тексту Гейбеля; смерть композитора прервала работу над оперой. Трудно давать оценку незавершенным замыслам художника. Однако можно предположить, что Мендельсон вряд ли мог стать тем смелым преобразователем оперного искусства, потребность в котором остро ощущалась в Германии.
Композитор сам признавался, что если современная эпоха требует в музыкальном театре вульгарного и низменного, то он расстанется с мечтой об опере и будет писать оратории. И в самом деле, две оратории Мендельсона — «Павел» (1834–1836) и «Илия» (1846–1847) — дали выход его устремлениям к серьезной вокально-драматической музыке. Они сосредоточили в себе возвышенные, демократические идеи композитора. Оратории написаны на сюжеты из Священного Писания. Мендельсона восхищала художественно-поэтическая сторона библейских сказаний. Несомненную роль в выборе тем сыграли также традиции баховских и генделевских ораторий.
О премьере «Илии» Мендельсон писал своему брату: «Еще никогда первое исполнение моего произведения не проходило так превосходно. Все три с половиной часа, которые она продолжалась, большой зал с двумя тысячами слушателей, весь оркестр, все были в таком напряжении, что не было слышно ни единого шороха». В конце выступления принц Альберт передал ему программу, на которой было написано: «Благородному художнику, который, несмотря на окружение почитателей Ваала обесцененного искусства, оказался, благодаря своему гению и умению, в состоянии сохранить верность служения истинного искусства Великому Творцу».
«Илия», по Альфреду Эйнштейну, стала самой большой ораторией XIX века. Эта премьера отодвинула на второй план даже столь любимые англичанами оратории «Мессия» Генделя и «Сотворение мира» Гайдна.
Из-за усиливающихся раздражительности и головных болей врач запретил ему публичные выступления. Как пианист в последний раз он выступал 19 июля 1846 года на благотворительном концерте, где играл вместе с Фердинандом Давидом «Крейцерову сонату» Бетховена.
17 мая 1847 композитор получил ужасную весть: в Берлине от инсульта внезапно умерла его любимая сестра Фанни, его второе «я». С утратой Фанни, которая после смерти родителей символизировала для него семью, он потерял самого себя.