1937–1938 — Вместе с видным азербайджанским геологом Ш. Азизбе-ковым по поручению Азербайджанского филиала Академии наук СССР и Закавказского отделения Союзредметразведки производит геолого-петрографические работы в зонах распространения лиственитов на Кавказе и в Северной Осетии. Определение и уточнение полезных ископаемых республики становится частью научного замысла докторской диссертации.
Через год в соавторстве с Ш. Аэизбековым выходит его первая монография «Листвениты Закавказья».
1939 — Женится на Фариде, внучке Рашид бека Эфендиева, дореволюционного просветителя, писателя, драматурга, педагога.
Родившийся в 1941 году сын Чингиз пойдет по стопам отца, станет впоследствии крупным специалистом в области экспериментальной геологии.
1941–1945— В первые месяцы войны публикует брошюру «Роль геологии и стратегического сырья в современной войне», выполняет многочисленные оперативные правительственные поручения по изысканию заменителей дефицитных материалов.
Награждается орденом Трудового Красного Знамени, медалями «За оборону Кавказа», «За доблестный труд в Отечественной войне 1941–1945 гг.».
1942 — На заседании ученого совета Геологического института им. И. М. Губкина АзФАН защищает докторскую диссертацию «Минералого-петрографические исследования в области основных и ультраосновных пород Азербайджана».
В этом же году от сердечного приступа умирает средний брат Мир-Таги, и его дети — Солмаз и Рена — становятся членами семьи академика и также станут впоследствии учеными.
1945, 27 марта — В созданной Академии наук Азербайджанской ССР М. Кашкай утверждается академиком-секретарем.
1946 — Утвержден в звании профессора по Азербайджанскому государственному университету им. С. М. Кирова, избран действительным членом и членом правления Всесоюзного минералогического общества, становится председателем Азербайджанского отделения ВМО.
Командируется в Иран в составе Комиссии Министерства цветных металлов СССР для изучения полезных ископаемых Южного Азербайджана.
1947 — Кашкай вступает во второй брак с Улдуз, дочерью Мир-Дамата Сеид-Гусейн оглу, скромного бухгалтера из Гянджи. Их совместная жизнь окажется долгой и счастливой. Старшей дочери он даст имя своей матери — Хабибы, младших назовет Айбениз и Гюльбениз.
1949 — На квартире академика арестовывается его родная сестра Рахшанде. Вместе с мужем Фаррухом Рафибейли она ссылается на долгие годы в Сибирь. Заботу о их детях возьмет на себя М. Кашкай.
1951 — Выполнение правительственных заданий — составление карт: геологической, полезных ископаемых и сейсморайонирования Азербайджанской ССР.