Еще в пору правления западной частью империи Константин вмешался в раскол церкви в Северной Африке. Конфликт произошел из-за разницы в отношении к христианам, которые шли на сделки с совестью, лишь бы выжить во времена Великого гонения. Константин настаивал, чтобы христиане выступали единым фронтом против своих противников. В 314 г. он написал римскому чиновнику в Северной Африке и назвал его «товарищем, поклоняющимся наивысшему Богу», определив свою цель в достижении христианского единства. Но обстоятельства помешали объединиться двум направлениям африканского христианства.
В 325 г. Константин оказался втянут в еще большее противостояние, которое раскололо восточную церковь. Некоторые задались фундаментальным вопросом: как вообще понимать, что Иисус был Богом. Большинство христиан утверждали, что Иисус был человеком и Богом одновременно, но в это можно только верить. В то же время ариане — последователи направления, основанного их вождем, египетским христианином Арием, — считали, что Бог-Отец создал своего сына Иисуса, который был совершеннее других людей, но не равен Самому Богу. Константин пытался примирить спорящих и даже созвал для этого большое собрание епископов в городе Никее. То был первый церковный вселенский (в переводе с греческого — всемирный) собор. На нем присутствовали двести пятьдесят епископов, а председательствовал сам император. Один из епископов, Евсевий Кесарийский (из Сирии Палестинской), был крупным христианским мыслителем и писателем. Тексты Евсевия — самые важные письменные источники той поры.
Страсти в Никее накалялись, и несогласие возникло даже в императорской семье. Констанция поддерживала на соборе арианскую фракцию. И впоследствии, и даже на смертном одре, она продолжала склонять своего брата в пользу ариан, но ничего не добилась.
Собор согласился подтвердить традиционное представление, согласно которому Иисус был одновременно человеком и Богом. С небольшими позднейшими уточнениями это положение до сих пор является одним из основных в христианстве: оно закреплено в Никейском Символе Веры. Несмотря на это, арианство существовало еще более тысячи лет.
Константин противопоставил официальное, или ортодоксальное, христианство другим околохристианским верованиям, и эти последние были объявлены ересями. Но слово «ересь» происходит от греческого слова hairesis, которое означает «выбор», а христианство довольно долго не было привязано к догматам и не исповедовалось централизованно. Попыткам системного урегулирования эта идеология оказывала естественное сопротивление.