По свидетельству осведомленных людей, он героически защищался в тюрьме против предъявлявшихся ему нелепых обвинений. Но сердце его не выдержало.
Веривший в силу разума и умевший убеждать, он боролся, сознавая, что убедить следователей невозможно. Они преследовали все, что было ему дорого: веру в научную истину, в логику истории, его красноречие и любовь к нему студентов — все это в их глазах было криминалом, так как сам арест Гуковского был звеном в цепи официальных погромов разных областей и школ в науке, в эстетике и искусстве; смысл же всех этих шумных кампаний состоял в борьбе с независимой от правительственных «указаний» наукой и со свободным творчеством в искусстве как силой, оказывающей неконтролируемое влияние на умы и на жизнь общества.
Одним из блестящих публичных выступлений Гуковского было его оппонирование на защите докторской диссертации А. Л. Дымшица. Александр Львович Дымшиц — образованный литературовед, в качестве партийного функционера «курировал» идеологию в науке, в частности в Пушкинском Доме как администратор — заместитель директора. Его диссертация, посвященная творчеству Маяковского, создавалась как образец, эталон «правильной» интерпретации творчества этого поэта. Маяковский в ней характеризовался как воплощение пролетарского поэта, представителя социалистического реализма, противостоявшего футуристам, символистам и другим сторонникам «буржуазных направлений» в искусстве XX века, с которыми поэт «вел решительную борьбу». Оппонентами на защите этой докторской диссертации, проходившей на филологическом факультете Ленинградского университета, были уважаемые, известные ученые В. В. Гиппиус, Г. А. Гуковский и Б. М. Эйхенбаум. Пожелав, чтобы в диспуте участвовали такие солидные оппоненты, Дымшиц, безусловно, хотел придать защите солидность и упрочить свое положение. Свою вступительную речь диссертант произнес уверенно и важно. Оппоненты говорили академически вежливо и даже мягко, но по мере их выступлений диссертация разваливалась. Это был не литературный спор, не идейное противостояние, а восстановление правды, реальной жизни во всей ее сложности людьми, пережившими конкретные обстоятельства этой жизни, ее трагизм. Оппоненты были старше диссертанта и почти всех присутствовавших в зале, и реальные факты эпохи, в которую жил и писал Маяковский, были им известны доподлинно. То, что они чувствовали, столкнувшись с новой официальной версией жизни и истории творчества поэта, можно предположительно передать строками Пастернака (хотя они и были далеко не стары; но их слушала молодежь):