Силовики начали с ареста сотрудника службы безопасности ЮКОСа Алексея Пичугина по подозрению в подготовке убийств. Но больше Ходорковского напугало, когда Генпрокуратура повторно заинтересовалась делом «Апатита». Еще до встречи с олигархами президент поручил прокуратуре разобраться, правильно ли группа «Менатеп» расплатилась за пакет акций мурманского «Апатита». Проверка прошла, генпрокурор доложил, что все в полном порядке. Тем не менее 1 июля уголовное дело было снова заведено, а уже на следующий день арестовали Платона Лебедева – одного из топ-менеджеров и ближайшего соратника Ходорковского. 4 июля на допрос вызвали и самого Ходорковского. «Единственное, что могу сказать, – это что все очень всерьез и очень надолго»[169], – сказал Ходорковский своему адвокату, выйдя от следователя. Но он даже не представлял тогда, насколько всерьез. Да и никто не представлял, включая Путина.
По словам бывшего сотрудника администрации, на то, чтобы убедить Путина расправиться с Ходорковским, ушло около трех месяцев. «Шаг за шагом президента втягивали, вливали ему в уши всякую информацию». После ареста Лебедева Путин Волошину еще говорил: "Да ерунда, все рассосется". К началу сентября он уже был готов поверить, что Ходорковский и компания по ночам едят грудных детей.
Одним из главных триггеров для Путина уже в те времена была тема связей с США. Эту карту и разыграли силовики. Повод дал сам Ходорковский. Буквально через неделю после ареста Лебедева, 11 июля, предприниматель поехал в Штаты, где был единственным российским участником ежегодной неформальной встречи элиты мирового бизнеса в Сан-Вэлли. Вскоре понятным путем на стол президенту легла записка о том, что предприниматель встречался с вице-президентом Диком Чейни и что-то им пообещал в обмен на давление на Россию с просьбой прекратить его преследование. Якобы Ходорковский был готов передать пакет нефтяной компании после объединения с «Сибнефтью», создать в России парламентскую республику и устроить одностороннее ядерное разоружение. Написать в записке можно было что угодно: переговоры проходили за закрытыми дверьми.
Неизвестно, поверил ли в это Путин, но достаточно было и самого факта встречи. «Втягивает иностранцев в наши внутренние разборки?» – передает слышавший возмущение Путина один из сотрудников администрации президента. Встреча Ходорковского с Чейни была посвящена поставкам нефти в США, но для дальнейшей судьбы ЮКОСа и Ходорковского это уже не имело значения. «Паранойя к тому времени уже возникла», – рассказывает человек, который тогда часто разговаривал с Путиным, пытаясь его переубедить.