Одно из многочисленных преданий рассказывает о том, что во времена средневековья монахи, жившие там, спрятали большой клад и, чтобы он не достался врагу, разрушили единственный путь к замку.
В 1170 году на Абхазском побережье появляются генуэзские купцы, которые с разрешения местных властен основывают здесь несколько торговых факторий. В XIII–XIV веках в Цхуми, который именуется генуэзцами и венецианцами то опять Севастополисом, то Севастом, то Сант-Себастьяном, находился протекторат кавказских факторий тенуэзцев. Здесь в XIV веке была резиденция католического епископа и генуэзского консула.
В период распада Грузинского государства в Цхуми, как и во всей Абхазии, усиливается власть князей Чачба, которые по-грузински стали именоваться Шервашидзе.
В 1451 году, за два года до взятия Константинополя, турецкие войска овладели городом Цхуми, но продержались там недолго. Вторично турки захватили город и край во второй половине XVI века. В 1578 году турки восстановили Цхумскую крепость и разместили в ней гарнизон янычар под командованием паши. С этого времени и до конца XVIII века Цхуми, названный турками Сухум-Кале (Сухумская крепость), становится одним из основных опорных пунктов турецкого владычества в Абхазии. Турки силой навязывают местному населению свою религию — ислам суннитского толка.
Период господства султанской Турции в Абхазии был мрачным периодом ее истории. Абхазы жестоко эксплуатировались и притеснялись; процветала работорговля (из Абхазии, Мингрелии и Черкесии турки ежегодно вывозили до 12 тысяч рабов); пришла в упадок культура. Грузинский историк XVIII века Вахуштий Багратиони с горечью отмечает, что «ранее Цхуми был городом и эриставством, а теперь местечко».
Сухум-Кале стал захолустьем и на многие годы потерял свое былое политическое и экономическое значение.
Но свободолюбивый абхазский народ не мог примириться с иноземным игом. Вместе с братским грузинским народом он боролся за освобождение родной земли от турецкого гнета. В 1725 и 1728 годах повстанческие отряды пытались освободить Сухум-Кале, однако эта попытка не увенчалась успехом.
В 1771 году повстанцы даже заняли Сухумскую крепость, но разногласия между руководителями восстания ослабили их силы, и турки, воспользовавшись этим, снова захватили крепость.
В конце XVIII века турецкий султан присвоил звание сухумского бея и выдал соответствующую грамоту владетельному князю Абхазии Келешу Чачба (Келеш-бею Шерквашидзе). Келеш Чачба не без скрытого умысла согласился взять на себя роль наместника султана в Абхазии-В 1801 году Восточная Грузия присоединилась к России-Келеш Чачба по примеру грузинских царей начал переговоры с правительством Александра I о присоединении. Абхазии к России. Турецкая агентура всячески стремилась сорвать переговоры. Не добившись своей цели, турки решили убить Келеша Чачба. 2 мая 1808 года в Сухумской крепости он пал от руки своего старшего сына Аслан-бея, ярого туркофила.